/Sequence-Similarity

用于计算序列相似度的常用算法

Primary LanguagePython

Sequence-Similarity

1 介绍

1.1在本实例中，如果想将代码直接运行需注意以下几点：

  • Python版本3.X（本人使用的是Python 3.6）
  • numpy版本：1.16.0
  • scipy版本：0.19.1

1.2 项目说明

  • data：存放测试数据的文件夹
    • traj:存放三条轨迹数据（1-8行是第一条轨迹，9-15行是第二条轨迹，16-21是第三条轨迹）
  • ShowTrajData：使用matplotlib直观的显示三条轨迹的形状
  • DynamicTimeWarpingRecursive：动态时间归整（Dynamic Time Warping，DTW）算法的递归实现
  • DynamicTimeWarpingLoop：动态时间归整（Dynamic Time Warping，DTW）算法的循环实现
  • FréchetDistanceRecursive：弗雷歇离散距离（Fréchet Distance）算法的递归实现
  • FréchetDistanceLoop：弗雷歇离散距离（Fréchet Distance）算法的循环实现
  • HausdorffDistance：豪斯多夫距离（Hausdorff Distance）算法的实现
  • LongestCommonSubsequenceRecursive：最长公共子序列（Longest Common Subsequence）算法的递归实现
  • LongestCommonSubsequenceLoop：最长公共子序列（Longest Common Subsequence）算法的循环实现
  • LongestCommonSubsequenceLoopOptimize：最长公共子序列（Longest Common Subsequence）算法的循环实现,代码进行了优化，速度为LongestCommonSubsequenceLoop的三分之一
  • EditDistance：编辑距离（EditDistance）（未完成）

2 序列相似度算法原理