Build and deploy Gromacs

[vholer]

version 5.1.4
via http://www.gromacs.org/Downloads

Build process

$ mkdir gromacs-build && cd gromacs-build
$ cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gromacs/nebo/kam/jinam -DGMX_MPI=on
-DGMX_GPU=on -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=on -DGMX_DEFAULT_SUFFIX=OFF -DGMX_SIMD=SSE4.1
../gromacs-5.1.4
$ make -j nakoliksitroufnu

$ cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gromacs/nebo/kam/jinam -DGMX_MPI=on
-DGMX_GPU=on -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=on -DGMX_SIMD=AVX2_256
-DGMX_DEFAULT_SUFFIX=OFF -DGMX_BINARY_SUFFIX=_avx2 -DGMX_LIBS_SUFFIX=_mpiavx
-DGMX_BUILD_MDRUN_ONLY=on ../gromacs-5.1.4
$ make -j nakoliksitroufnu