关于实验评价指标的疑问

[horacehht]

阅读完论文后，我对实验评价指标有一些疑问。
1、无条件蛋白生成章节中，ProLLaMA只生成了蛋白序列，pLDDT和SC-Perp指标是如何获得的？是通过将生成的序列输入到AF2中获得的吗？
2、无条件蛋白生成章节中，ESM-1b据我所知是一个蛋白质语言模型（PLM），专门用来给序列生成embedding。你们实验中是如何让它生成序列的呢？接了一个结构预测模块吗？
Related Work中这样写
AE PLMs adopt the encoder-only architecture and Masked Language Modeling (MLM) [20–24]. They excel in PLU, with the learned protein representations being applied to downstream predictive tasks [29]. However, they face challenges in de novo protein generation.

[Lyu6PosHao]

1. 是的，使用了Omegafold进行蛋白质折叠，从而获得pLDDT。SC-Perp还需要使用ProteinMPNN模型。这部分详见论文附录A.5.1。
2. 没有额外的模块，单纯使用ESM-1b。方法是吉布斯采样，从而可以让ESM做生成任务。代码见microsoft/evodiff#29

Best wishes

[horacehht]

@Lyu6PosHao 谢谢解答！