UMCUGenetics/ExonCov

Feature request; comment field

hwmvandeutekom opened this issue · 2 comments

Een comment veld (bij sample info voor specifiek genpanel) met de volgende info

Bij <= 25 genen:

100% coverage for Gen (transcript), Gen(transcript), Gen(transcript), Gen(transcript) …
Gen (transcript) = <y>%, Gen (transcript) = <y>%, Gen (transcript) = <y>%, Gen (transcript) = <y>%, Gen (transcript) = <y>% 

Bij >25 genen
Optie 1:

100% coverage for <xx> genes. 
Gen (transcript) = <y>%, Gen (transcript) = <y>%, Gen (transcript) = <y>%, Gen (transcript) = <y>%, Gen (transcript) = <y>% 

Optie 2:

>95% coverage for <xx> genes. 
Gen (transcript) = <y>%, Gen (transcript) = <y>%, Gen (transcript) = <y>%, Gen (transcript) = <y>%, Gen (transcript) = <y>% 

xx = aantal genen met 100% coverage . (of optie 2: 95)
y = percentage coverage; kleiner dan 100% (of optie 2: 95)

Wellicht "samenvatting" als titel van het comment?

Feedback:
over het algemeen zijn de 'custom panels' klein en kunnen dus alle genen uitgeschreven worden.

Extra toevoeging
"overall panel coverage" of iets in het Nederlands? "algehele coverage (15x) van gen panel <GEN> = xxx%"
100% coverage for genes:
alle genen uitgeschreven in alfabetische volgorde
<100% coverage for genes:
alle genen uitgeschreven in alfabetische volgorde

Besproken bij de staf; tekst wordt als volgt:

Genpanel dekking >15X = <>%.

Genen met volledige dekking: GEN1(NM_xx), GEN2(NM_xx).

Genen met onvolledige dekking: GEN3(NM_xx) = yy%, GEN4(NM_xx) = yy%.