YongxinLiu/EasyMetagenome

Bracken估计丰度,不同样本的结果文件行数不同

Closed this issue · 1 comments

按照 1.Pipeline 里的代码用Bracken重新估算 C1和C2的丰度,但是汇总结果文件时发现,结果文件的行数并不相同。但是Kraken2的结果行数是相同的 ,按照1.Pipeline里的代码可以直接进行合并。下面是bracken的参数-r 100 -l S。
bracken -d ${kraken2_db} -i $work_dir/02_Kraken2/${Sample}.report
-r ${len} -l ${tax} -o $work_dir/02_Kraken2/${Sample}.bracken
-w $work_dir/02_Kraken2/${Sample}.bracken.report
请问造成这种结果的原因是什么?这样的结果是否有问题?

bracken旧版有问题,请安装2.8及以上新版本。另外代码也在1.2.1中更新,解决了此问题