megahit使用问题
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zjx12-bot commented
老师您好！
您的代码中吗，使用megahit组装的时候，都是基于所有样本进行拼接的，但是若实操的时候，面临大样本数据，计算机内存不足以进行混合组装，只能使用单样本组装后，如何进行后续去冗余，基因定量，功能注释等步骤呢。是单样本组装后，将所有样本分别组装后的contigs，cat汇总成一个大contig文件,在进行后续去冗余等步骤吗？希望老师能解答我的问题，十分感谢！
YongxinLiu commented
单样本组装，基因组注释。把基因合并，采用cd-hit-est获得基因集
tanxiaodong commented
单样本组装，基因组注释。把基因合并，采用cd-hit-est获得基因集
刘老师您好，
我也遇到了这种问题，我对您的答复理解为：单样本组装后，进行prodigal进行基因预测，cat合并所有基因（fa后缀文件），再用cd-hit-est去冗余，是这个意思吗？还请您不吝赐教！谢谢！