这里提供一个我们公司现在在做的多公众号的思路

[wangjia2016]

总体设计思路是采用多租户的模式，所有租户共用一套业务逻辑代码。
1、类似于集团+分店的模式
每张表里面都有集团code、分店code
每个集团一个公众号，甚至允许分店拥有自己的公众号

2、超级管理员在后台 分配集团管理员账号、并设置一个标识id
集团管理员登录后台配置微信各种参数、包括支付、菜单、素材等等。。。

3、在集团的公众号接入的地方，填上一个后台设置的这个标识id，

然后在程序里面处理这个id，用来标识这个公众号。

PS:目前像市面上的，有赞、微盟等很多做微商城的，他们做的是第三方公众平台，相当于是把公众号托管给了他们运营，他们具体的实现，我想应该也差不多这种吧