choderalab/yank

conda yank install fails while attempting to create symbolic link in root while requesting non-root install

therealchrisneale opened this issue · 1 comments

therealchrisneale commented

Hello,

I have successfully installed a variety of other software using non-root environments, but with yank I am getting an error message suggesting that it is failing after trying to write a file to root despite my non-root intentions (install commands and tail of stdout/err below). Any help would be appreciated.

Thank you,
Chris.

$ module load python/3.5-anaconda-4.1.1
$ conda config --add envs_dirs /usr/projects/mrmdesign/MCMD/CONDA_ENVS
$ cat ~/.condarc
envs_dirs:

  • /usr/projects/mrmdesign/MCMD/CONDA_ENVS

$ conda create --name yank-badger -c conda-forge -c omnia yank
<…snip…>
ipywidgets-7.7 100% |##############################################################################################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 3.35 MB/s
jupyter-1.0.0- 100% |##############################################################################################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 3.21 MB/s
yank-0.25.2-py 100% |##############################################################################################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 10.67 MB/s
Extracting packages ...
[ COMPLETE ]|#################################################################################################################################################################################################################################################| 100%
Linking packages ...
ln: failed to create symbolic link ‘/etc/OpenCL/vendors/ocl-icd-system’: Permission denied | 28%
Error: Error: post-link failed for: conda-forge::widgetsnbextension-3.6.0-py310hff52083_0########################################################################################################################################################################### | 98%

therealchrisneale commented

Solved. I had to install a newer jupyter_core than yank listed as its dependency, then the yank install went smoothly.

$ conda install jupyter_core=4.8.1
$ conda install yank

Thank you,
Chris.

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