SnpSift filter
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Bonjour
Cette commande semble enlever ('filter out') le contenu du fichier SRR13182925.ann.vcf.
SnpSift filter "(exists ANN[0].HGVS_P)" > SRR13182925.ann.vcf
Elle se trouve dans ce fichier: blog/content/covid_ngs.md
Il n'y en a peut être pas besoin. Cette commande seule marche bien:
SnpSift extractFields - "ANN[0].HGVS_P" "ANN[0].GENE"
Julien
Ok ! Tu as besoin de ce champs "filter out" dans ton projet ?
non je passe à travers le billet pour essayer de le reproduire et je constate que chez moi ca ne fonctionne pas de la même façon. j'ai utilisé cette commande pour pouvoir voir les 2 colonnes:
SnpSift extractFields - "ANN[0].HGVS_P" "ANN[0].GENE" < SRR13182925.ann.vcf
c'est juste un commentaire pas un véritable problème. L'issue peut être fermée.
Ok, je vais voir de mon coté ! Merci en tt cas! J'espère que tu as réussi à reproduire le reste .
Oui oui c'est vraiment bien
merci