isovic/racon

racon creates empty output with small input files

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thierryjanssens commented

Hi,

I am running racon on a set of smal input files (fasta after minimap2).

$ racon -m 8 -x -6 -g -8 -w 500 -t 8 11-3901.fa align_11-3901.fa.sam ref_11-3901.fa.fasta > polished_11-3901.fa.fasta
[racon::Polisher::initialize] loaded target sequences 0.000091 s
[racon::Polisher::initialize] loaded sequences 0.000269 s
[racon::Polisher::initialize] loaded overlaps 0.000127 s
[racon::Polisher::initialize] aligned overlaps 0.000444 s
[racon::Polisher::initialize] transformed data into windows 0.000014 s
[racon::Polisher::polish] generated consensus 0.000069 s
[racon::Polisher::] total = 0.001162 s

However the output is empty.

$ ls -lshrt 3901
20K -rw-rw-r-- 1 minion minion 20K dec 13 08:23 11-3901.fa
4,0K -rw-rw-r-- 1 minion minion 814 dec 13 21:40 ref_11-3901.fa.fasta
20K -rw-rw-r-- 1 minion minion 20K dec 13 21:40 align_11-3901.fa.sam
0 -rw-rw-r-- 1 minion minion 0 dec 14 10:47 polished_11-3901.fa.fasta

I have encountered two related issues, but their cause was insufficient memory. at this time nothing is running on the background of the 64 GB RAM computer.

with kind regards,

Thierry

rvaser commented

Hi Thierry,
sorry for my late reply, try using option -u to see whether you will get anything (it should print out unpolished contigs). You can also paste here the contents of the .sam file (.paf would be better).

Best regards,
Robert

thierryjanssens commented

Hi Robert,

thank you. This creates a non-empty output:

0fe3e058-af74-41a3-a6ff-3dafc6d73f8c LN:i:775 RC:i:1 XC:f:0.000000
CGATGCTGCTTCGTTCAGTTATAAACTGGATCGAGGGCTGCGTCTTTTGACTAGGATGCTGGCGTAATGATCTAATGCCGCCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACGTCTATGCTGGTGTTTGGGGTGTAAAACCCGTACGCACGCGTAAATGAACGTAGGTTGGGGCCTTCGGGTGCACAATCGACCGACTAACGATGTTTTCGGATAGGTTTGAGTAGAGCATAGCTGTTGGGACCCGAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGTAGCGGTTCTGACGTGCCGTCGATCGTCGAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAGAAACTCGTATCAGTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGCGGTACCGGGGATGAAATGTCGCGCTGACCGATTTACAAAACTTTAAATGTATGAAAGTCCTTGTTGGCAATTGAACGTGGACATATGGATGAAGGGTTTCTAGTGGGCCATTTTGGTAAGCAGAACTGGCGATGCGGGACGAACCGAACGTGGAGTTAAGGTGCCGGAATGTGTACTACGCTCATCAGACACCACAAAAGGTGTTAGTTGTCTAGACAGCCGGACGGTGGCCATGGAAGTCGGAATCCGCTAAGGAATGTGTAACAACTCACCTGCCGAGAAGATAGAGCGACAGGCAAGTCCTGGTAACTGGGACACAAGACTCG

This is the content of the associated sam file:

@sq SN:0fe3e058-af74-41a3-a6ff-3dafc6d73f8c LN:775
@pg ID:minimap2 PN:minimap2 VN:2.17-r941 CL:minimap2 -ax map-ont -t 8 ref_11-3901.fa.fasta 11-3901.fa
650cfc70-4d4c-4036-a7ef-a9152319aafb 4 * 0 0 * * 0 0 CCGTGTGCTAGTTCAGTTGAATTTGGGTGTTTATGGATGTACTACCTACCGTGACGAGTCTTGTGTCCCAGTTACCAGGTTTCTGTTGGTGCTGATATTGCCTATGCATGTCTAGTATAAGCAGCAGCGCATGTGAAACATCGTGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATCGTACCTTACTACATGGATACTGGTAATTCTAGAGCTAATACACATGCTGAAAACCCCGACTTCAGGGAGGGTGTATTTATTAGACTCGCCAACGCCCTTCAGGGCTCCTTGGTGAATCATAATAATAACGAATCGCATGGCTTGCGCCGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTAATCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGACTCGGAGAGGGCCTGAGAAACGGCTGCCACATCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGAGGGAGAGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTTTTGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAAATCACCGCTCGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCAGCTCAATAAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCACCGCGTGTACTGGGTCGGCCGGGCCTTTCCTCTGGGGAACCTCATGCCTTCACTGGGCGTGCTGGGGAACCAGGACTTTTACTTTGAAAAATTAGAGTGTTCAAGCAGGCCTTTGCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATGGGACGTGTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAAGTAGTCGGGGGCATCAGTATTCAAGCGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTGTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGATGATCGAATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGGTGTTAGTATTTTGACCCGCTCGGCACCTTGC * rl:i:0
ea1b8065-7a87-48c8-8156-71bcdb22287d 0 0fe3e058-af74-41a3-a6ff-3dafc6d73f8c 51 60 3013S18M1I7M1D52M1D19M3I3M3D3M1I39M1I2M2D24M1I22M1I75M1I30M1I23M1I21M1D27M1I46M1D1M1D13M1D9M2I7M1D11M1D2M2I42M1I53M1D31M1D13M1I42M1D58M1D15M1S * 0 0GTTGTGCTTCGTTCGATTTGAATTTGGGTGTTTATGATTAGTTCGCCTACCATTGACGAGTCTTGTGTCCCAGTTACCAGGTTTCTGTTGGTGCTGATATTGCCTATGTATGTCTAAGTATAAGCAACTATACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTGTTGATAGTACCTTACTACATGGATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAACCTCGACTTCGGAAGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCCCTTCGGGGCTCCTTGAGTGAATCATAATAACAACGAATCATGGCCTTGCGCCGGCGATGGATTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTATCAACGGGTAACGGGAATTAGGGTTCGACTCCGGAGAGGGCCTGAGAAACGGCTACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGAGAATTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTTGGGTCTTGTAATTGGAATAGTACAATTTAAATCACTTAACGAAAGGGAACAGAATTGGAGGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTGGCTGGCCAGTCCGCCTCACCGCGTGTACTGGTCCAGCCGGGCCTTTCCTTCTGGGGAACCTCCTTGCCCTTCACTGGGCGTGCTGGGGAACCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTTGCTCAGTACATTGGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGTGGTTCTATTTTGTTGGTTTATAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGCATCAGTATTCAAGCGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTGCTTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAAGCTATGCCGACTAGGGATCGGGCGGTGTTAGTATTTTTGACCCGCTCGGCACCTTACAGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCTGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAAGAAATTGACGGAAGGAGCACCACCAGAATTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGAAACTCACCAGGTCCGAACGCAATAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTTTGTGGGTGAGGTGGGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCGCAATTGCGATAACGAACGAGACCTTAGCCCATAAATAGAGTTGCTGGCATTTGCTGGTAAAATCTTCTTATGGGGACTATCGATTTCAAGTCGATGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGACGTTCTGGGCCGCACGCGCTACACTGACGGAGCCAGCGAGCTTTTCCTTAGCCGAAGGTTTGGGTAATCTTGTGAAACTCCGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGTAATTGTGCTCCTTCAACGGGGAATTCCTAGTAAAGCGCAAGTCATCAGCTTGCGTTGATTACGTCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTAGTACCGATTGAATGGCTTAGTGAGGCTTCAGGATTTGCTTAGATCGAGGCAACTCTCTTTCAGAGCGGAAATCTAGTCAAACTTGGTCATTTAGAGGAACTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTAGATTGAATTATCATTGTTGCTCGAGTTCTTGTTTAGATCTTTACAATAATGTGTATCTTTATTGAAGATGTGCGCTTAATTGCGCTGCTTCTTTAAGTGTCGCAGTGAAAGTAGTCTTGCTTGAATCTCAGTCAACGCTACACACATTGGAGTTTTTTACTTTAATTTAATTCTTTCTGCTTTGAATCGAAAGGTTCAAGGCAAAAAACAAACACAAACAATTTTATTTTATTATAATTTTTTAAACTAAACCAAAATTCCTAACGGAAATTTTAAAATAATTTAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTCGCATCGATGAAGAACGTGGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCTTGGTATTCGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTTCAACCCTCAAGCAGCTTGGTATTGAGTCTATGTCAGTAATGGCAGGCTCTAAAATCAGTGGCGGCGCCGCTAGATTCCTGTTTAGTAATATCTCTCGTTACAGGTTCTCGGTGTGCTTCTGCCAAAACCCAAATTTTCTATGGTTGACCTCGGATCAGGTAGGGATACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACCAACGGATTACCTCGAAAGTAACGGCGAGTGAAGCGGTAAAAGCTCAAATTTGAAATCTGAAATACTTGGGAATTGAATTGTAATTTGTAGAAGATGCTTCGGGTGTGGTTCCGGTCTAAGTTCCTTGGAACAGGACGTCATAGAGGTGAAGGCTCCGTGATGAATGCCTATGCTCATGTGAAGCTCTTTCGACGGAGATCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAATGGGAGGTATATTTCTTCTAAAGCTAAATATTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAGATGAAAGCACTTTGGAAAGAGGTTAAACAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCAATCAGACTTGCACTTGGTGGAGTCTCGTACCCTGTGTACTTCATCAAGTTCAGGCCGGCATCAGTTTGAGTGGTTAGATAAAGGCTTAGAGAATGTGGCCCTCTTCGGGGGTGTTATAGCTCTAGGTGCAATGTAGCCTACTTGGACTGAGGACCGCGCTTCGGCTAGGATGCTGGCGTAATGGTTGTAAGCGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGAGGTCTAACGTCTATGCGAGTGTTTGGGTGTAAAACCCGTACGCGTAATGAAAGTGAACGTAGGTTGGGGCCTTCGGGTGCACAATCGACCGACCTTGATGTTTTCGGATAGGTTTGAGTAAGAGCATGGCTGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGTAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCGAATTTGGGTATAGGGGCGAAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCTCAGGATAGCAGAAACTCGTATCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGCGGTACCGGGGATGAAATGTCCTTGACCGATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGAAGTCCTTGTTGCTTAATTGAACGTGGACATATGAATGAAGAGTTTCTAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGCGATGCGGGATGAACCGAACGTGGAGTTAAGGTGCGGAATGTACACTGCGCTCATCAGACACCACAAAGGTGTTAGTTCATCTAGACAGCAGGACGGTGGCCATGGAAGTCGGAATCCGCTAGGAATGTGTAACAACTCACCTGCCGAGAAGATAGAGCGACAGGCAAGTCCTGGTAACGGGACACAAGACTCGT * NM:i:60 ms:i:1084 AS:i:1084 nn:i:0 tp:A:P cm:i:48 s1:i:420 s2:i:0 de:f:0.0720 rl:i:0
96a39be0-7e77-4126-b3b3-065193d20317 4 * 0 0 * * 0 0 GATGTGCTTCGTTCAGTTCGGTTGATGGGTGTTTAACGGATCATCGCCTACCGTGACGAGTCTTGTGTCCCAGTTACCAGGTTTCTGTTGGTGCTGATATTGCCCATGTATATCTAAGTATAAGCAACTATACGGTGAGAGGCTTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGTTGATACCTTACTACATGGATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAACCTCGACTTCGGAAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCCCTTCAGGGCTCCTTGGTGAATCATAATAACTACGAATCACGTAGCCTTGCGCCGGCGATGGATTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAAGAAGCCCTACCATGGTTTCAACGGGTAACGGGGTCGGGTTCGACTCGGAGAGGGGCCTGAGAAACGGCTACCATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTTGGGTCTTGTAATTGTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCGGTTAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTGGCTGGCCCGGTCCGCCTCACCGCGTGCTGGTCCGGCCGGGCCTTTCCTTCTGGGGGCCGCATGCCCTTCACTGGGCGTGTCCGAGAACCAGGACTTTACTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTTGCTCCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGTGGTTCTATTTTGTTGGTTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTGTAGGGATAGTCAGGGGCATCCGTATTCAATTGTCAGAGAAGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACGAACTACTGAAAGCATTTGCCAAGGAATCTTTTCCATTAATCGGTGAGCGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGTGGATGTTATTATTTTGACTCCATCGGCACCTTACGAGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCTGGGGGGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACAGGAAACTCACCAGGTCCAGACACAATAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTTTGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCATAGCAATTGCGATGAACGAGACCTTAGCCCTTAAATAGAGTTGCTGGCATTTGCTGGTAAATCTTCTTATGGGGACTATCGATTTCAAAGTCGATGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGACGTTCTGGGCCGCACACCTTCACTGACGGAGCCAGCGAGCTTTTCCTTAGCCGAGAGGTTGGAGTAATCTTGTGAAACTCCGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGTAATTGTGCTCTTCAACGAGGAATTCCTAGTAAGCGCAAGTCATCGGCTTGCGTTGATTACGTCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTAGTACCGATTGAATGGCTTAGTGAGGCTTCCAGGTTGCTTAGATCGAGGGCAACTCTCTTTTCAGAGCGGAGAATCCTAGTCAAACTTGGTCATTTAGAGGAACTAAAAGTCGTAACAAAGGTTTCCGTAAGTGAACCTGCGGAAGGATCATTAGATTGAATTATCATTGTTGCTCGAGTTCTTG * rl:i:0
ce5e06de-0231-4b7e-a103-229c0d1bdf38 4 * 0 0 * * 0 0 CAGTGTGCTTCGTTCGGCGTTATCAACGAATTGGGTGTTTAGCGGTCAAGGTAAGCCTACCGTGACGAGTCTTGTGTCCCAGTGCAGGTTTCTGTTGGTGCTATTGCTTATGTATGTCTAAGTATAAGCAACTATACGTTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTTACTACATGGATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAACCTCGACTTCGGAAGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCCCTTCCGGGGCTCCTTGGTGAATCATAATAACTTAACGAATCGCATGGCCTTGCGCCGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGGTGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTATCAACGGGTAACAGGGAATTAGGGTTCGACTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAGCGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAAGGGCTCTTTTGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCTTAACGAGGAGCAATTGGAGAACCGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTATTTGCAGTTAAAAGCTCGTAGTCCAGACCTTAGGCCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCACCGCGTGTACTGGTCCGGCCGGGCCTTTTCCTTCTGGGGAACCTCATGCCCTTCACTGGGCGTGCTGGGGAACCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTTAACGCCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGAGGGCATCAGTATTCAAGCGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTGTGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGAATGCCGTCGTAGTCTTAACCGCAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGGTGTTAGTATTTTGACCCGCTCGGCACCTTTTGAGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCTGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTATGAAACTTAAGAAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGCGTGGAGCCTGCGGCTTAATTGACTCAACACGGGAAACTCACCGGTCCAGACACAATAAGGATTGACCAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTTTGTGGGTGGTGGTGCATGGCAAGATTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCGCCCAATTGCGATAACGAACGGACCTTAGCCCTTAAATAGAGTTGCTGGCATTTGCTGGTAAATCTTCTTATGGGGACTATCGATTTCAAGTCGATGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGACGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGACGGAGCGAGCACTGCATATGCTCCGAGAGGTTTGGGTAATCTTGTGAAACTCCGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGTAATTGTGCTCTTCAACGAGGAATTCTAGTAGCGCAAGTCATCAGCTTGCGTTGATTACGTCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCGAAAGTACCGATTAGATAGCTTAGTGAGGCTTCAGAGTTGCTTAGATCGAGGGGCAGCTCTCTTTCAGAGCGGAGAATCTAGTCAAACTTGGTCATTTAGAGGGAACTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTAGATTGAATTATCATTGTTGCTCGAGTTCTTGTTTTAGATCTTTTACAATAATGGTAATATCTTTATTGAAGATGTGC * rl:i:0
c2b0cba6-dde2-477a-9008-784e7e7ef63f 4 * 0 0 * * 0 0 CGGTATTGCTTCGTTCAGTCCAGATTTGGTGTTTTATGATCCATCGCCTACCGTGACGAGTCTTGTGTCCCAGTTACCAGGTTTCTGTTGGTGCTGATATTGCCTATGTATGTCTAAGTATAAGCAACTATACGGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTTACTACATGGATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAACCTCGACTTCGGAAGAGAGTGTATTTGACAGATAAAAAAACCAATGCCCTTCGGGGCTCCTTGGTGAATCATAATAACTAACGAATCGCATGGCCTTGCGCCGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCCTACCATGGTATCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGACTCCGGAGAGAACCTGAGGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTTGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCGATTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCACCGCGTGTACTGTGGTCCGGCCGGGCGCTCCTTCTGGGGAACCTCATGCCCTTCACTGGCGTGCTGGGGAACAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTTGCTCAGATACGTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGTGTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCAGCCAATGATTAATAGGGATAGTCAGGGGGCATCAGTATTCAAGCGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTGGCAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGTGAACGAAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCGAATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGGTGCCTTTTATTGTGGCCCACTCGGCACCTTACGAGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCTGGGGGAGTGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGACACCACCAGGAGTGGAGCCTTTTTTGGCTTAATTTGACTCAACACGGAAACTCACCAGGTCCAGACACAATAAGGATTGACAGATTGAGAAGCAACGCTGATTTTGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGCTTAATTGCGATAGCGAACGGACCTTAGCGCAAAACCGAGTTGCTGGCATTTGCTGGTAAATCTTCTTGTAAAGTTTCCTCGATTTCAAGTCGATGGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGACGTTCTGGGCCACGCATACACTGACGGAGCCAGCGAGCTTTTCCCTTGTCGAGAAAGTTTTGGATGATATTTGACGAAACTCCGTGGTAGCAAGGATGAGCATTGTAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATTCCTAGTAAGCGCAAGTCATCAGCTTGCGTTGATTACGTCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTAGTACCGATTGAATGGCTTAGTGAGGCTTCAGGATTTGCTTAGATCGAGGGGCAACTCTCTTTCAGAGCGGAGAATCTAGTCAAACTTGGTCATTTAGAGGAACTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCCAGAGGATCATTAGATTGAATTATCATTGTTGCTCGAGTTCTTGTTTAGATCTTTTACAATAATGTGTATCTTTATTGAAGATGTGCGCTTAATTGCGCTGCTTCTTTAAGAGTGTCGCAGTGAAAGTAGTCTTGCTTGAATCTCAGTCAACACTACACACATTGGAGTTTTTTTGCTTTAATTTAATTCTTTCTGCTTTGAATCGAAAGGTTCAAGGCAAAAAACAAACACAAACAATTTTATTTTATTATAATTTTTTAAA * rl:i:0
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rvaser commented

The problem is that only the second and last read have an alignment with the backbone. The last read has the same name as the backbone so it is not used in consensus mode. This leaves only one read and Racon needs at least 2 to call consensus.