Minor: return LR+ Pathway scoreLRGeneSignatures when name.by.pathway = TRUE
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ZheFrench commented
Pour le heatmap je veux pas un id à rallonge.
pwn contient déjà les LR , il plug par dessus le pathway.
Devrait juste retourner le pathway. (vieux comportement)
Il retourne aussi l'ID du pathway et le pathway.... idéalement ça devrait être séparé.
setMethod("getLRGeneSignatures", "BSRInference",
pathways <- paste(pairs$pw.id, pairs$pw.name) # c'est du détail mais jgarderai juste name.
pwn <- foreach::foreach(i=seq_len(length(pathways)), .combine=c) %do% {
paste0("{", paste(ligands[[i]], collapse=";") ,"} / {",
paste(receptors[[i]], collapse=";"), "}")
}
if (name.by.pathway)
pwn <- paste(pwn, pathways, sep=" ")
# juste changer ça
if (name.by.pathway)
pwn <- pathways