qgao21/CoreDiff

关于低剂量模拟

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lomoly commented

已下载MRIT工具包，我想利用正常剂量CT图像去模拟不同低剂量CT图像，具体路线如下：①将正常剂量CT图像投影为sinogram②在sinogram中加入不同程度的泊松和高斯噪声来模拟不同低剂量CT的sinogram③再使用FBP方法将模拟的sinogram重建为低剂量CT图像。请问一下，不知道我的路线想法是否正确？
1.对于MRIT工具包其中包含众多.m文件，我感觉无从下手，请问实现上述路线的代码具体思路是怎样的，需要运用到哪些.m文件呢？（对于代码确实是一个初学者）
2.您在之前回答中说明公开数据库中提供的是螺旋CT投影数据，其表现形式不同于扇形束所得投影，我想了解一般是将CT图像投影成扇形束还是平行束投影或者其他什么格式？这在代码实现上肯定是不同的。
3.您在文章中使用不同25%和5%剂量进行去噪，您在使用25%剂量CT图像的时候是直接利用公开已有的数据还是用正常剂量的图像或者投影去模拟呢？据我了解，AAPM作为通用数据集，其中25%低剂量图像是只在投影域中添加了泊松噪声。
希望可以得到您的指导和建议，谢谢！

qgao21 commented

你的路线想法是正确的。

  1. 具体仿真可以参考https://github.com/smuzd/LD-CT-simulation，运行demo_ldsino.m即可。你需要下载mirt工具包，并在代码开头添加run(./irt/setup.m)。
  2. 平行束或者扇形束都可以，我们实验使用的是扇形束。
  3. 我们论文使用的是自己仿真的25%和5%剂量数据，本项目也提供了处理AAPM公开25%剂量数据的代码，请参考data_preprocess/prep_mayo2016.py。根据我们的实验，在AAPM公开25%剂量数据也能获到不错的成像结果。
lomoly commented

您好，首先非常感谢您之前的回答，目前已完成phantom的模拟，我还想请教您一些问题。
1.在您的建议下我完成了phantom的模拟，对ct图像的正投影我在网上找了一些代码但是都不是很顺利，而radon变换实现平行束投影，想请教您是如何用matlab实现正投影的？
2.‘一张CT图像从n个角度投影得到n张投影数据，n张投影数据合成一张sinogram’我是否可以这么理解呢？CT和sinogram之间的数量关系是什么样的，与哪些因素有关？同时我觉得这也是在正投影时设置的参数。
3.原文Fig1中， 对于xt结合上下文您文中是（xT-1xt,xT+1），而对于xt的上下不应是xt+1 ，xt-1吗？在satge2中，结合一步恢复的xt-1bar和真实的LDCTxT，您设计EMM调制模块的思路是什么呢？

qgao21 commented
  1. 我是使用MIRT工具包（https://github.com/JeffFessler/mirt）进行的正投影，工具包提供了各种前投影和反投影的examples。
  2. Sinogram包含多个角度的投影数据，投影角度数目可以自行设定，角度充足则成像质量高，角度减少会引入稀疏角度伪影。具体可以参考一些CT成像论文进行设定，常用设置有1024，1152等。
  3. 因为xt在采样过程中存在累积误差问题，所以我们使用初始xT对应的上下文切片xT-1和xT+1进行误差调制，xT-1和xT+1没有受到采样累积误差的影响。
ZhaKiNg commented

你的路线想法是正确的。

  1. 具体仿真可以参考https://github.com/smuzd/LD-CT-simulation，运行demo_ldsino.m即可。你需要下载mirt工具包，并在代码开头添加run(./irt/setup.m)。
  2. 平行束或者扇形束都可以，我们实验使用的是扇形束。
  3. 我们论文使用的是自己仿真的25%和5%剂量数据，本项目也提供了处理AAPM公开25%剂量数据的代码，请参考data_preprocess/prep_mayo2016.py。根据我们的实验，在AAPM公开25%剂量数据也能获到不错的成像结果。

你好 请问文章中提到的通过公式模拟的不同剂量的噪声投影，这个模拟过程的代码是不公开的吗？我尝试复现这个过程但是效果不佳

ZhaKiNg commented

已下载MRIT工具包，我想利用正常剂量CT图像去模拟不同低剂量CT图像，具体路线如下：①将正常剂量CT图像投影为sinogram②在sinogram中加入不同程度的泊松和高斯噪声来模拟不同低剂量CT的sinogram③再使用FBP方法将模拟的sinogram重建为低剂量CT图像。请问一下，不知道我的路线想法是否正确？ 1.对于MRIT工具包其中包含众多.m文件，我感觉无从下手，请问实现上述路线的代码具体思路是怎样的，需要运用到哪些.m文件呢？（对于代码确实是一个初学者） 2.您在之前回答中说明公开数据库中提供的是螺旋CT投影数据，其表现形式不同于扇形束所得投影，我想了解一般是将CT图像投影成扇形束还是平行束投影或者其他什么格式？这在代码实现上肯定是不同的。 3.您在文章中使用不同25%和5%剂量进行去噪，您在使用25%剂量CT图像的时候是直接利用公开已有的数据还是用正常剂量的图像或者投影去模拟呢？据我了解，AAPM作为通用数据集，其中25%低剂量图像是只在投影域中添加了泊松噪声。 希望可以得到您的指导和建议，谢谢！

你好 请问你对sinogram进行不同程度噪声的模拟是参考文中提供的公式 还是自己设计添加的噪声 我尝试使用文中公式添加噪声但是得不到正确的结果