This project was bootstrapped with Create React App.
Kunjungi https://needleman-wunsch-alignment.netlify.app/ untuk menjalankan program secara online atau jalankan script di bawah jika ingin menjalankan di local machine.
After cloning this repository, in the project directory, you can run:
Runs the app in the development mode.
Open http://localhost:3000 to view it in your browser.
The page will reload when you make changes.
You may also see any lint errors in the console.
Algoritma ini digunakan untuk penyelasaran dua barisan DNA.
Dibuat sebuah matriks berukuran m * n dengan m adalah panjang dari barisan DNA 2 dan n adalah panjang dari barisan DNA 1. Kolom dan baris pertama dari matriks diisi dengan skor gap yang telah ditentukan secara meningkat.
Setiap baris dan kolom akan memiliki nilai sesuai dengan parameter skor match, mismatch, dan gap. Penelurusan kembali akan dimulai dari posisi array [m][n] menuju posisi [0][0]. Jika huruf pada baris m dan huruf pada kolom n cocok, maka dipilih rute diagonal. Tetapi jika kedua huruf tidak cocok, maka dipilih arah dengan skor yang paling tinggi. Penyelarasan huruf yang tidak cocok termasuk ke dalam gap.
Skema skoring dapat ditetapkan secara arbitrary. Semakin besar skor gap maka kemungkinan alignment menggunakan gap dari sequence DNA akan semakin kecil karena traceback matriks akan cenderung memilih rute diagonal saat terjadi mismatch. Karena pada spesifikasi dinyatakan bahwa perbedaan karakter tidak lebih dari 5, maka hasil yang diinginkan akan memiliki alignment gap yang sedikit dengan skor gap yang besar.
- https://www.youtube.com/watch?v=LkwgI2mHbik&t=887s&ab_channel=BarryGrant
- https://github.com/dzakimuhammad/needleman-wunsch-alignment
- https://www.cs.sjsu.edu/~aid/cs152/NeedlemanWunsch.pdf
- https://medium.com/analytics-vidhya/sequence-alignment-and-the-needleman-wunsch-algorithm-710c7b1a23a4
- https://www.youtube.com/watch?v=ipp-pNRIp4g
- https://www.youtube.com/watch?v=LhpGz5--isw&ab_channel=DeborahThurtle-Schmidt
- https://www.youtube.com/watch?v=of3B02hZGS0&ab_channel=FarhanHaq
Algoritma Needleman-Wunsch ini diimplementasikan ke dalam aplikasi berbasis website dengan memanfaatkan library ReactJS dan framework Tailwind CSS.
TC 1
Sequence 1: TTAAGCGTGACAGTCCCAGTGAATTAAGCGTGACAGTCCCAGTGAA
Sequence 2: CCTTCTCGAGTTCCGTCCGG
TC 2
Sequence 1: GGAGTCATACGCAAGAAGGATGGTCTC
Sequence 2: CCCACAAACCGTGATGGCTGTCCTT
TC 3
Sequence 1: TAGAACTGGACGTGCGGTTTCTCTGCGAAGAACAC
Sequence 2: CAGACACCGGCGCACCAGTTTTCACGCCGA