/19nCoV-SEIR-Estimation

An adjustive SEIR model to estimate parameters of 2019-nCoV

Primary LanguageJupyter NotebookGNU General Public License v3.0GPL-3.0

2019新型冠状病毒在武汉地区的流行病学分析

Author: 吴烜圣 (wuxsmail@163.com)

Date: 2020-2-14

Full Page Paper download: http://www.kitgram.cn/downloads/something/SEIDC_19nCoV.pdf

Data

我们使用丁香园腾讯实时监测数据和国家卫检委公开发布的数据整理了1月23日至2月1日武汉市的疫情情况。具体采集到的变量包括每天的确诊人数、死亡人数和治愈人数。

Model - SEIDC

本文主要仿照SEIR传染病模型并按照2019-nCoV病毒的传播特性进行了修改。我们先划分出5个类别的人群,分别为可能感染该病的健康人员(Susceptible, S),潜伏期患者(Exposed, E),确诊患者(Infected, I),死者(Dead, D)和治愈患者(C)。接着,我们定义潜伏期患者导致感染的概率为$\alpha_1$,确诊患者导致的感染的概率为$\alpha_2$,潜伏期患者被确诊的概率为$\beta$,确诊患者被治愈的概率为$\sigma$,确诊患者死亡的概率为$\gamma$。我们通过下式(1)的常微分方程组定义五个人群间的转移方程来描述传染病传播情况。 $$ {math} \begin{aligned} \frac{dS}{dt} &= - \alpha_{1} E - \alpha_{2} I + \sigma I \ \frac{dE}{dt} &= \alpha_{1} E + \alpha_{2} I - \beta E\ \frac{dI}{dt} &= \beta E - \sigma I - \gamma I\ \frac{dD}{dt} &= \gamma E\ \frac{dC}{dt} &= \sigma I \ \end{aligned} $$

由于我们不确定1月23日武汉封城时武汉市内的市民准确数量,也难以观测到潜伏期患者数量,于是我们尽可能利用已知数据,则定义我们模型的损失函数为: $$ {math} Loss=\sum_{i=1}^n(I_i-\hat{I_i})^2+\sum_{i=1}^n(D_i-\hat{D_i})^2+\sum_{i=1}^n(C_i-\hat{C_i})^2 $$ 最后,使用模拟退火算法估计模型(1)中的系数。同时,由于作为基期的1月23日的潜伏期患者人数难以被观测到,于是从50至1100之间以25为间隔训练了一系列的模型,并最终选择模型损失最小的模型为本文的最终模型。

Result

病毒的平均潜伏期为:5.40天

病毒的再生基数为:2.39 (意味着一个患者可能导致2.39个人感染)

1月23日0时武汉市内的潜伏期患者:100人