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帮朋友做的TCGA数据分析工具

Primary LanguageJupyter Notebook

git 说明

用git管理代码，方便保存、回退、共享

环境配置：https://www.runoob.com/git/git-install-setup.html

拉取代码：控制台执行

git clone [仓库上方的clone地址]

存代码

git add .
git commit -m "保存信息"

R 语言环境配置

代码说明

目录说明

├── main.R // 核心代码，暂时弃用
├── main-deseq2.R // v2版，使用deseq2进行分析
├── main.ipynb // 暂时用不到
├── readme.md
└── workspace // 放样本数据
    ├── gdc // 压缩包解压后放到了这
    ├── gdc-temp // 取少部分压缩包内的数据，调试用，写代码时看结果快一点
    ├── gdc_manifest_20230921_011847.txt
    └── metadata.cart.2023-09-21.json

执行代码

RStudio 导入这个目录后选择 main.R 文件，点击文件上方的 run

控制台执行View(result_final)可视化查看最终结果

其他资料

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