md-tools

This repository contains some useful tools to performe molecular dynamics simulation.

pytool

pip install git+https://github.com/2lu3/md-tools.git#subdirectory=pytool

DVC

pipx install dvc

dvc init

dvc remote add -d minio s3://name
dvc remote modify minio endpointurl URL

dvc add --glob "**/*.dcd"
dvc add --glob "**/*.dvl"
dvc add --glob "**/*.rst"

.git/hooks/pre-commit

#!/bin/bash


# dcd/dvl/rst file should not be staged
if git diff --cached --name-only | grep -E '\.(dcd|dvl|rst)$'; then
  echo "エラー: *.dcd, *.dvl, *.rst ファイルがステージされています。"
  echo "これらのファイルはコミットに含めないでください。"
  exit 1
fi

.env and .envrc

.env

AWS_ACCESS_KEY_ID=""
AWS_SECRET_ACCESS_KEY=""
FUGAKU_USER_ID=""

.envrc

dotenv
export PATH="$PATH:$(pwd)/software/genesis/bin"
export PATH="$PATH:$(pwd)/software/genesis-2.1.0-cpu/bin"
export PATH="$PATH:$(pwd)/tool/bin"