Домашнее задание #3

Для исследования была выбрана клеточная линия HeLa-S3

Обязательная часть

Метки

Name File
H3K27ac wgEncodeBroadHistoneHelas3H3k27acStdAlnRep1.bam
H3K27me3 wgEncodeBroadHistoneHelas3H3k27me3StdAlnRep1.bam
H3K36me3 wgEncodeBroadHistoneHelas3H3k36me3StdAlnRep1.bam
H3K4me1 wgEncodeBroadHistoneHelas3H3k04me1StdAlnRep1.bam
H3K4me2 wgEncodeBroadHistoneHelas3H3k4me2StdAlnRep1.bam
H3K4me3 wgEncodeBroadHistoneHelas3H3k4me3StdAlnRep1.bam
H3K79me2 wgEncodeBroadHistoneHelas3H3k79me2StdAlnRep1.bam
H3K9ac wgEncodeBroadHistoneHelas3H3k9acStdAlnRep1.bam
H3K09me3 wgEncodeBroadHistoneHelas3H3k09me3AlnRep1.bam
H4K20me1 wgEncodeBroadHistoneHelas3H4k20me1StdAlnRep1.bam

cellmarkfiletable.txt

Клеточная линия Гистоновая метка Файл Контрольный файл
HeLa-S3 H3K27ac H3K27ac.bam Control.bam
HeLa-S3 H3K27me3 H3K27me3.bam Control.bam
HeLa-S3 H3K36me3 H3K36me3.bam Control.bam
HeLa-S3 H3K4me1 H3K4me1.bam Control.bam
HeLa-S3 H3K4me2 H3K4me2.bam Control.bam
HeLa-S3 H3K4me3 H3K4me3.bam Control.bam
HeLa-S3 H3K79me2 H3K79me2.bam Control.bam
HeLa-S3 H3K9ac H3K9ac.bam Control.bam
HeLa-S3 H3K9me3 H3K9me3.bam Control.bam
HeLa-S3 H4K20me1 H4K20me1.bam Control.bam

ChromHMM

Emission Overlap Transition RefSeqTSS RefSeqTES

Название Описание
1 Active Promoter выражен в H3K27ac, H3K4me1, H3K4me2
2 Weak enhancer/Weak transcribed выражен в H3K27ac, H3K4me1, H3K4me2
3 Strong enhancer/Transcriptional elogation выражен в H3K27ac, H3K4me1, H3K4me2
4 Active Promoter выражен в H3K27ac
5 Active Promoter выражен в H3K4me1, H3K4me2
6 Weak enhancer выражен в H3K4me1, H3K4me2, H3K4me3, H3K9ac
7 Weak enhancer выражен в H3K4me1, H3K4me2
8 Weak enhancer выражен в H3K36me3, H3K4me1
9 Weak enhancer выражен в H3K36me3, H3K4me1
10 Weak transcribed выражен в H3K4me1, H3K4me2
11 Weak transcribed выражен примерно везде
12 Weak transcribed выражен в H3K27me3
13 Repressed не выражен нигде
14 Heterochromatin выражен в H3K27me3, H3K4me1, H3K4me2
15 Heterochromatin выражен в H3K36me3, H3K4me1

Дополнительная часть

Сделана в колабе