Peptide Summary Analyzer
Описание
Peptide summary analyzer — это программа для обработки массивов файлов, полученных c помощью программы ProteinPilot (Sciex) в ходе протеомных исследований. Используется в Институте Цитологии РАН группой протеомики и масс-спектрометрии.
Использование:
Программа поддерживает как диалоговый вид, так и работу через передачу аргументов командной строки. Для передачи аргументов нужно сохранять следующий порядок их следования:
- Версия ProteinPilot (4 или 5)
- Файл белого списка
- Файл чёрного списка
- Нужно ли применять Protein group фильтр (Y или N)
- Файл бд для подсчёта длин последовательностей
- Unused параметр
- Contribution параметр
- Confidence ID параметр
- Confidence peptide параметр
- Минимальное количество групп с ID
- Максимальное количество отсутствий ID в каждой группе
Параметры Unused, Contribution и Confidence peptide поддерживают следующие форматы (вместо 10 может быть любое число):
- < 10 — меньше 10
- > 10 — больше 10
- >= 10 — больше либо равно 10
- <= 10 — меньше либо равно 10
- == 10 — равно 10
- != 10 — не равно 10
Пример работы
python PeptideSummaryAnalyzer.py 5 "" "" N test.fasta "" ">= 90" "" ">= 95" 1 1