LIPS-pathwayTools-queries
Devuelve una archivo de salida con los genes pertenecientes a cada pathway (4 columnas: Pathway name; Pathway id; gene name; gene id) del PGDB seleccionado. Ver ejemplo "ejemplo_pathways.dat".
Correr pathwaytools en modo lisp
! [1]> ./pathwaytools -lispDentro del ambiente lisp de pathwaytools ejecutar:
Ver PGDBs disponibles
! [1]> (all-orgs)Seleccionar el PGDB de trabajo. Ejemplo: ecoli
! [1]> (select-organism :org-id 'ecoli)Importar las funciones
! [1]> (load "gene-of-pathway")Busqueda de pathways y genes. Guarda la salida en el archivo denomiado "pathways.dat" (Path default "."). (Ejecutar ":PWD" para conocer la ubicacion actual)
! [1]> (tofile "pathways.dat" (object-table (get-class-all-instances '|Pathways|)))Tener en cuenta las rutas de los archivos al monento de ejecutar los comandos!