Protokół na którym działa bioJPKS jest bardzo prosty. Każda informacja jest przesyłana w osobnej lini.
Serwer potwierdza przyjęcie odpowiedzi tagiem ANSWER. Gdy odpowiedź jest prawidłowa jest przesyłąna linia OK,
jeżeli padła poprawna odpowiedz od gracza lub BAD w przypadku gdy odpowiedź jest zła.
Serwer informuje o zadanie pytania linijką QUESTION po której następuje w nowej lini pytanie, a w następnej linii odpowiedź.
Do każdego obrazka jest dodawane zdjęcie (Patrz Wysyłanie Obrazków)
Serwer może przesłać klientowi obraz rozpoczynając przekaz od linijki IMAGE po której w nowej lini
powinien znajdować się URL do obrazka. Jeżeli obrazek nie jest przesyłany po tagu IMAGE pojawia sie tag DEFAULT
Serwer informuje o aktualnym stanie gry poprzez wysłanie STATUS do klientów.
Zaraz po odebraniu tagu pierwszej nowej lini znajduje się zliczba n informująca o ilości zawodników aktualnie
biorących udział w rozgrywce. Po niej następuje n lini w postaci
k nick gdzie k jest liczbą zdobyta przez gracza przestawiającego się jako nick. nick jest zakończony znakiem nowej lini.
System nie pozwala na używanie nicków zawierających nową linię.
Gracze odpowiadając na pytania czy po prostu rozmawiając używają
jednolinijkowych wiadomości. Wiadomość wysłana przez danego gracza,
powinna trafić na serwer, tam zostać przetworzona, a końcowo rozesłana
do wszystkich aktywnych klientów(włącznie z nadawcom). Serwer realizuje
to wysyłając tag MESSAGE, po nim znak nowej linii, w następnej linijce
nick gracza, który był nadawcom, a w kolejnej treść wiadomości.
Klient nadaje wiadomość do serwera wysyłając tag MESSAGE, a w
nowej linii treść wiadomości, którą kończy znak newline.