conda install -c conda-forge openbabel
chmod 755 qvina02
python docking_script.py --smiles "O=C(O)c1cc(Nc2nccc(C3CCOC3)n2)cc(-c2nnco2)c1" --receptor 3fqs.pdb --box_center "0.739,1.018,12.059" --box_size "21.846,22.098,18.886" --vina_program ./qvina02
smiles - сгенерированная молекула
receptor - белок в формате .pdb (предоставляется пользователем)
box_center, box_size - координаты центра связывания и его размеры (предоставляются пользователем)
vina_program - путь к программе для докинга