C.A.D. BSeq Project
O grupo de alunos deverá entregar e demonstrar uma aplicação de busca de sequências nos 23 cromossomas do genoma humano. Os cromossomas estarão em ficheiros separados e podem ser gerados com o programa CriaCromossoma (com os tamanhos adequados...)..
A aplicação deve usar OpenMPI para executar em múltiplas máquinas (cada uma examinando um grupo diferente de cromossomas) e OpenMP para lançar pelo menos 4 threads em cada máquina para pesquisar dentro do mesmo cromossoma.
Na máquina que lançou a aplicação deverá ser reportado em que cromossomas a sequência aparece com o grau de similaridade desejado.
Utilização da aplicação bseq para procurar a sequência AAAACCCCTTTTGGGG em 24 cromossomas gerados aleatóriamente, mas com dimensões idênticas aos 23 pares de cromossomas do genoma humano, com uma taxa de similaridade de >88%. É utilizado o comando time de modo a verificar o tempo de execução da aplicação.
gcc bseq.c -o bseq
time ./bseq AAAACCCCGGGGTTTT 88
# Instalar OpenMP
sudo apt-get install gcc-multilib
# Compilar e correr
gcc bseqMP.c -o bseqMP -fopenmp
time ./bseqMP AAAACCCCGGGGTTTT 88
# Instalar OpenMPI
sudo apt-get install libopenmpi-dev
# Compilar e correr
# Nota: Corre apenas numa máquina com num_processos = 2, todos os processos fazem print
# Todo: Descobrir como fazer outros processos enviar mensagens para o processo 0?
mpicc bseqMPI.c -o bseqMPI
time mpirun -np 2 ./bseqMPI AAAACCCCGGGGTTTT 88