README

本项目将一个RNAFM Checkpoint转换成一个HuggingFace Transformers兼容的Pretrained。

安装

pip install .

转换

python -m RNAFM.convert RNAFM_pretrained.pt

对于预训练的Checkpoint，在本例中使用RNAFM_pretrained.pt。 convert将会自动识别模型结构参数，生成恰当的配置文件，并转换模型结构。最终结果将保存在同名（但没有扩展名）的目录中，本例为RNAFM_pretrained。

使用

DeepProtein

在DeepProtein训练时，请在--sequence.pretrained指定转换后的文件路径，建议指定绝对路径。

python -m deepprotein.train --sequence.pretrained /path/to/RNAFM_pretrained.pt

Transformers

在通过transformers使用转换后的Pretrained时，请务必import RNAFM来确保配置、模型和令牌器被正确注册。

import RNAFM  # import的顺序不重要
from transformers import AutoTokenizer, AutoModel

tokenizer = AutoTokenizer.from_pretrained("RNAFM_pretrained.pt")
model = AutoModel.from_pretrained("RNAFM_pretrained.pt")

文件结构

- {RNAFM}
-   |- convert.py
-   |- config.py
-   |- model.py
-   |- tokenizer.py
-   |- template
-     |- vocab.txt
-     |- tokenizer_config.json
-     |- special_tokens_map.json

ComDec/rnafm_transformers

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Transformers

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