Программа для трекинга актиновых филаментов.
- Скопируйте репозиторий к себе на компьютер
- С помощью pip установите все зависимости (лучше в новой среде с python3.7):
pip install -r requirements.txt
Также можно с помощью conda сразу создать и среду, и установить в неё все необходимые модули.
conda create --name <env> --python=3.7 --file requirements_conda.txt
- Сначала необходимо запустить main.py, указав путь к последовательности филаментов в tiff формате
- После этого нужно запустить fil_processing.py, снова указав путь к последовательности
Пример. Сначала используем main.py.
python main.py /Users/danilkononykhin/PycharmProjects/Filaments/Actin_filaments/Motility_Mar.19__tiff_mdf/25031911.tif
Теперь используем fil_processing.py.
python fil_processing.py /Users/danilkononykhin/PycharmProjects/Filaments/Actin_filaments/Motility_Mar.19__tiff_mdf/25031911.tif