Los scripts que vamos a correr para este curso necesitan muchas dependencias. La forma más sencilla de instalarlas todas es usando docker. Esto se puede conseguir bajando e instalando Docker Desktop.
Una vez instalado docker podemos proceder a descargar esta carpeta de github que contiene todo el material del curso.
Una vez descargada y descomprimida la colocamos en un sitio de nuestro ordenador que nos guste. A continuación vamos a tener el programa de docker abierto a la vez que abrimos una terminal (o símbolo de sistema en Windows). Ahora nos podemos bajar la imagen del nuestro curso con docker pull y la corremos con docker run.
Copiando y pegando los comandos de abajo podemos tener todo listo. Solo tenemos que cambiar la ruta a la carpeta del curso por la de nuestro ordenador:
para Windows si hemos guardado la carpeta del curso en "C:\ruta\a\la\carpeta\del\curso"
como extraer la ruta de una carpeta en windows?
docker pull enricobazzi/ebd-popgenintro:v2-amd64
docker run --security-opt seccomp=unconfined -it -v C:\ruta\a\la\carpeta\del\curso:/root enricobazzi/ebd-popgenintro:v2-amd64 /bin/bash
para Linux y Mac si hemos guardado la carpeta del curso en "/ruta/a/carpeta/del/curso"
como extraer la ruta de una carpeta en mac?
como extraer la ruta de una carpeta en linux?
docker pull enricobazzi/ebd-popgenintro:v2-amd64
docker run --security-opt seccomp=unconfined -it -v /ruta/a/carpeta/del/curso:/root enricobazzi/ebd-popgenintro:v2-amd64 /bin/bash
Otra cosa que vamos a necesitar es un editor de código. Aconsejamos para este curso Rstudio, ya que nos va a permitir leer los markdown donde están escritos los comandos de las practicas y correr los scripts de R de forma interactiva.
Los paquetes de R necesarios para correr los scripts de R de esta practica están en el file installation_packages.R de la carpeta practica3. Ejecutando ese script o copiando su contenido en una terminal de R nos instalaremos todos los paquetes necesarios a analizar los datos y visualizar los resultados de las diferentes practicas.