Make errors

[hinz1]

Trying to build on Ubuntu Xenial:

mkdir -p ../bin
cc -g -Wall -O3 -std=gnu99 -L../lib -L../../libBigWig -L../../htslib wiggletools.c -lwiggletools -l:libBigWig.a -lcurl -l:libhts.a -lgsl -lgslcblas -lz -lpthread -lm -llzma -lbz2 -o ../bin/wiggletools
//usr/local/lib/libhts.a(hfile_s3.o): In Funktion s3_sha256': /home/mkiefer/software/builds/augustus-3.3.3/htslib/hfile_s3.c:111: Nicht definierter Verweis auf SHA256'
//usr/local/lib/libhts.a(hfile_s3.o): In Funktion s3_sign_sha256': /home/mkiefer/software/builds/augustus-3.3.3/htslib/hfile_s3.c:116: Nicht definierter Verweis auf EVP_sha256'
/home/mkiefer/software/builds/augustus-3.3.3/htslib/hfile_s3.c:116: Nicht definierter Verweis auf HMAC' /home/mkiefer/software/builds/augustus-3.3.3/htslib/hfile_s3.c:116: Nicht definierter Verweis auf EVP_sha256'
/home/mkiefer/software/builds/augustus-3.3.3/htslib/hfile_s3.c:116: Nicht definierter Verweis auf HMAC' /home/mkiefer/software/builds/augustus-3.3.3/htslib/hfile_s3.c:116: Nicht definierter Verweis auf EVP_sha256'
/home/mkiefer/software/builds/augustus-3.3.3/htslib/hfile_s3.c:116: Nicht definierter Verweis auf HMAC' /home/mkiefer/software/builds/augustus-3.3.3/htslib/hfile_s3.c:116: Nicht definierter Verweis auf EVP_sha256'
/home/mkiefer/software/builds/augustus-3.3.3/htslib/hfile_s3.c:116: Nicht definierter Verweis auf HMAC' /home/mkiefer/software/builds/augustus-3.3.3/htslib/hfile_s3.c:116: Nicht definierter Verweis auf EVP_sha256'
/home/mkiefer/software/builds/augustus-3.3.3/htslib/hfile_s3.c:116: Nicht definierter Verweis auf HMAC' //usr/local/lib/libhts.a(hfile_s3.o): In Funktion s3_sign':
/home/mkiefer/software/builds/augustus-3.3.3/htslib/hfile_s3.c:104: Nicht definierter Verweis auf EVP_sha1' /home/mkiefer/software/builds/augustus-3.3.3/htslib/hfile_s3.c:104: Nicht definierter Verweis auf HMAC'
collect2: error: ld returned 1 exit status
Makefile:14: die Regel für Ziel „../bin/wiggletools“ scheiterte
make[1]: *** [../bin/wiggletools] Fehler 1
make[1]: Verzeichnis „/home/mkiefer/software/builds/WiggleTools/src“ wird verlassen
Makefile:7: die Regel für Ziel „Wiggletools“ scheiterte
make: *** [Wiggletools] Fehler 2

Any ideas what I have to change / install?

Best,
Markus

[dzerbino]

Hello @hinz1 ,

Evidently there is an issue with your htslib installation. Do the htslib executables (e.g. tabix) work for you?

Cheers,

Daniel

[hinz1]

In fact yes, tabix works. It's the version from the Xenial repo: 1.9-393-g634aad4

[dzerbino]

Hello @hinz1 ,

apologies, I missed your response a few months back.

Did you manage to solve the problem? It seems to be deep into the compilation or linking of htslib. If htslib compiled well, then maybe the library file was not found at ../../htslib?

HTH,

Daniel

[dzerbino]

No update in a year, closing issue.