Для каждого блока задач(например DI или Android API) создаем свой пэкэдж внутри sources(ВАЖНО), в котором создаем модули для задач.
(в студии лучше переключить просмотр файлов на режим Project).
)
При создании модуля не надо добавлять дополнительный include в settings.gradle. Модуль создаем как удобно, стараемся не оставлять файлы которые не понадобятся (androidTest и test пэкэджи в большинстве случаев можно удалить).
В build.gradle модуля добавляем зависимости через общий файл с зависимостями, он располагается тут: gradle/versions/commonLibs (лучше перед написанием изучить это )
Модуль можно задавать через функции об этом можно почитать тут Сейчас имеется 3 функции для создания модулей:
start-point-module - для задания точки входа для андроид приложения
android-module - для стандартного android модуля
di-module - для стандрартного dagge модуля
Функции по созданию модулей прописаны в build.gradle проекта.