material for cheminfo tutorial
- 開催日時: 2023年10月23日 13:00-17:00
- 開催場所: 会場4階研修室
- 会場のネットワークは利用できますが、速度は期待できないとお考えください(必要に応じてWifi等通信機器をご持参下さい)。
- 電源は主催者側で用意いたします。
- 環境構築には時間がかかるため、会場で環境を作ることは推奨しません。事前に構築をしてください。
- 中級者向けのケモインフォマティクスチュートリアルのため、基本的なjupyter notebook,pythonの操作に関しては理解しているという前提ですすめます。
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特定標的に関する特許の化合物データ解析
- データの前処理（正規化、脱塩など）
- 演習(正規化)
- ケミカルスペースの可視化、クラスタリング
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予測モデルの活用
- 予測モデルの構築(データ準備,モデル作成)
- 予測モデルの利用した化合物の検証
- 演習(予測モデル構築)
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公共データを利用したバーチャルスクリーニングの実施
- データベースの準備と部分構造検索
- 化合物の類似性検索
$ conda install git #gitをインストールしていない人のみ
$ git clone https://github.com/cbi-society/cheminfotutorial1023.git
$ cd cheminfotutorial1023
$ conda config --append channels conda-forge
$ conda env create -f environment.yml
$ conda activate cbi2023
# VSFlowのみGithubからソースコードをダウンロードしてインストールします。
$ git clone https://github.com/czodrowskilab/VSFlow.git
$ cd VSFlow
$ pip install .
- インストールが上手く行かない等のトラブルがあった場合は当日までにDiscussionsで質問してください。
- 大川 和史（旭化成ファーマ株式会社）
- 芹沢 貴之（第一三共株式会社）
- 新井 浩一郎（旭化成ファーマ株式会社）
- 高橋 一敏（味の素株式会社）
- 宮野 奈津美（帝人ファーマ株式会社）