Analise de dados de mamíferos e aves ("Mastoaves") do protocolo florestal global do Programa Monitora-ICMBio
Prepara os dados do Monitora-ICMBio no formato exigido pelo pacote rlpi desenvolvido pela Zoological Society of London;
Cria subsets dos dados com UC e grupo taxonômico de interesse (e.g., mamíferos, aves);
Calcula o LPI (Living Planet Index) a partir de dados do protocolo florestal básico (mamíferos e aves)
├───01_dadosDeEntrada
├───02_script
│ ├───01_limpezaDeDados
│ ├───02_dataPrepLPI
│ ├───03_calculoDeLPI
│ │ └───lpi_temp
│ └───funcoes
└───03_dadosDeSaida
├───dados
└───plots01_dadosDeEntrada contém os dados brutos do Programa Florestal Global.
02_script contém scripts e funções a serem usados na seguintes ordem:
-
LIMPEZA - 01_limpezaDeDados
- o arquivo parte01-limpezaDeDados.Rmd corrige dados de taxonomia, ajusta formatos de data e ajusta nomes de colunas
-
PREPARAÇÃO - 02_dataPrepLPI
- após a limpeza, o arquivo part02-dataPrepLPI.Rmd usa os arquivos de saída gerados na etapa anterior para calcular e reorganizar os dados no formato necessário para a análise de LPI.
-
CÁLCULO - 03_calculoDeLPI
-
o arquivo part03-calculateLPI.Rmd usa os arquivos de saída preparados na etapa anterior para o cálculo básico de LPI.
- as funções localizadas em funcoes descartam a necessidade de usar o pacote
rLPI
- as funções localizadas em funcoes descartam a necessidade de usar o pacote
-
03_dadosDeSaida contém os arquivos de saída gerados nas etapas anteriores.
Se você pretende usar o R mas nunca fez isso antes, veja abaixo as instruções para instalar o R, RStudio e Git.
- Instalar o R: Baixe a versão mais atualizada do R aqui.
- Instalar o Rstudio: link para download do Rstudio
- Instalar o Git: Veja essas notas para instalação - somente se você quiser compartilhar seu código com esse repositório e/ou quiser manter sua cópia local atualizada na medida em que atualizamos e melhoramos nosso código.
- Clonar ou baixar esse repositório - botão verde à direita no alto da página.
1 - Instalar o pacote devtools do R
install.packages("devtools")2 - Instalar o pacote rlpi da Zoological-Society-of-London
library(devtools)
install_github("Zoological-Society-of-London/rlpi", dependencies=TRUE)