nextflow-101
Nextflow ことはじめ(脳死で Nextflow を始めたい)
Nextflow のインストール
anaconda をインストール済みであることを前提に説明。
bioconda 経由で nextflow をインストールします(できます)。
Nextflow は Java 製のプログラムですが、bioconda 経由でインストールすることで、JDK などの必要なものを勝手にそろえてくれます(脳死)。
$ conda install -c bioconda nextflow
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done
## Package Plan ##
environment location: /Users/imamachinaoto/opt/anaconda3
added / updated specs:
- nextflow
The following packages will be downloaded:
package | build
---------------------------|-----------------
coreutils-8.25 | 1 1.7 MB bioconda
nextflow-20.10.0 | hecda079_0 34.5 MB bioconda
openjdk-11.0.6 | h7bc2e8c_1 215.4 MB
------------------------------------------------------------
Total: 251.6 MB
The following NEW packages will be INSTALLED:
coreutils bioconda/osx-64::coreutils-8.25-1
nextflow bioconda/noarch::nextflow-20.10.0-hecda079_0
openjdk pkgs/main/osx-64::openjdk-11.0.6-h7bc2e8c_1
Proceed ([y]/n)? y
Downloading and Extracting Packages
nextflow-20.10.0 | 34.5 MB | ################################################################################################################################################################# | 100%
openjdk-11.0.6 | 215.4 MB | ################################################################################################################################################################# | 100%
coreutils-8.25 | 1.7 MB | ################################################################################################################################################################# | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: doneインストールが完了したら、以下のコマンドを叩いて、インストールが上手くいってるかどうかチェックします。
$ nextflow info
Version: 20.10.0 build 5430
Created: 01-11-2020 15:14 UTC (02-11-2020 00:14 JDT)
System: Mac OS X 10.15.7
Runtime: Groovy 3.0.5 on OpenJDK 64-Bit Server VM 11.0.6+8-b765.1
Encoding: UTF-8 (UTF-8)