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水産研究・教育機構 国際水産資源研究所（NRIFSF）のホームページで公開しているRスクリプトの最新版ダウンロードページ

Primary LanguageRGNU General Public License v3.0GPL-3.0

水産研究・教育機構 国際水産資源研究所のホームページで公開中のRスクリプト（最新版）が置いてあるページ

このページには, 水産研究・教育機構 国際水産資源研究所のホームページ (http://fsf.fra.affrc.go.jp/Tag/Atag_proc.html) で公開しているRコードの最新版を置いています.

説明 Description

このページからは以下のRコードとテキストファイルをダウンロードできます.

  1. これらのRコードは, 照度センサー付き記録型電子標識 (主としてLAT2910, Lotek Wireless Inc.) データに基づくカツオの移動経路推定・補正を行うためのコードです.

  2. 解析に利用した重要なRパッケージはukfsstとanalyzepsatです.

使い方 Usage

  1. 各Rコード (〇〇.R または 〇〇.r) を各自のパソコンにダウンロードしてください.

  2. 各自のパソコンのフォルダ構造は以下を想定しています.*

(C:/Users/YOURNAME/Documents や /Users/YOURNAME/Documents など)
└── geol
    ├── LAT292data # ここにLAT292, LAT281などの元データを置く
    ├── input      # 整形されたモデルインプットデータを置く
    └── src        # ソースコードを置く
        ├── 0-format-LAT292data.r
        ├── 1-install-needed-libraries.r
        ├── 2-run-ukfsst-or-kftrack.r
        ├── 3-listup-kalmanfilter-fitResults.r
        ├── 4-run-analyzepsat.R
        ├── ReadMe.txt
        └── func_get_oisstV2_highres.R

  1. Lotek社の記録型電子標識データ (LAT292, LAT281など) を解析する場合は0-format-LAT292data.rのコードから順番に実行してください. それ以外のデータは1-install-needed-libraries.rのコードから順に実行してください. 4-run-analyzepsat.Rのコードは海底地形による補正が必要な場合に実行してください. 陸地のない外洋を遊泳していた場合など, 海底地形による補正が不要なデータもあります.

  2. Lotek社以外の電子標識データを用いる場合はukfsstが必要とする所定の様式に整形する必要があります. 所定の様式とはこの様式です.

*: 国際水産資源研究所のホームページに公開している概要説明スライドのp.113-120も参照ください.

インストール方法 Install

ここでは注意していただきたい環境構築の方法を説明します.

  1. Windowsで処理を行う場合, 別途Rtoolsのダウンロード & インストールが必要です. リンク先のページからご自身の使用しているRのバージョンに合ったRtools (大抵の場合はRtools35.exeだろうと思います) を選択し, ご自身のパソコン環境を整えてください.

  2. 上記コードで使用している pathological パッケージは2019年5月30日にCRANのパッケージリポジトリから削除されたようです (こちら). したがって, 通常のパッケージのダウンロード方法ではうまくいかないため, 上記プログラム中で別の手順を踏んでダウンロード & インストールしています (= 最後に公開されていたバージョンのアーカイブをダウンロード & インストール).

依存関係 Requirement

Rのバージョン

  • R (3.4.3 ~ 3.5.2で動作確認済み)

各コードで使用しているRパッケージ

  1. 0-format-LAT292data.r
    data.table
    devtools
    lubridate
    mapdata
    mapproj
    maps
    needs
    pathological (2019.05.30 CRAN package repositoryから削除)
    tidyverse
    zoo

  2. 1-install-needed-libraries.r
    devtools
    mapdata
    mapproj
    maps
    needs
    R.oo
    ukfsst

  3. 2-run-ukfsst-or-kftrack.r (2.5-run-ukfsst-or-kftrack-parallel.r)
    data.table
    devtools
    egg
    gginnards
    ggpmisc
    mapdata
    mapproj
    maps
    needs
    pathological (2019.05.30 CRAN package repositoryから削除)
    tidyverse
    ukfsst

  4. 3-listup-kalmanfilter-fitResults.r
    data.table
    devtools
    needs
    pathological (2019.05.30 CRAN package repositoryから削除)
    tcltk
    tidyverse
    writexl
    zoo

  5. 4-run-analyzepsat.R
    adehabitat
    analyzepsat
    data.table
    devtools
    egg
    gginnards
    ggpmisc
    mapdata
    mapproj
    maps
    ncdf4
    needs
    pathological (2019.05.30 CRAN package repositoryから削除)
    tcltk
    tidyverse

  6. func_get_oisstV2_highres.R
    date
    lubridate
    ncdf4
    pathological (2019.05.30 CRAN package repositoryから削除)
    rvest
    tidyverse

その他の特徴 Feature

(工事中)

質問, 提案など Contribution

プログラムコードを走らせてみたがエラーや警告が出て動かないなどの問題が出た場合は, お手数ですが, このページからIssuesを作成していただくか下記のメールアドレスへお知らせください.

ライセンス Licence

本コードはいずれも GPLv3 です.

参考

  • BSD (ukfsstパッケージ)
  • GPLv3 (analyzepsatパッケージ)

作成者 Author

水産研究・教育機構 国際水産資源研究所 かつおグループ (NRIFSF-SKJG@ml.affrc.go.jp)
Junji Kinoshita (kinoshitaj@affrc.go.jp)

リンク集 Links