make # сборка основной программы
make visual # сборка программы для визуализации взволнованной поверхности
В файле Makefile добавить флаг -fopenmp
CXXFLAGS += -fopenmp
./autoreg # вывод будет в файле zeta
./visual path/to/file/zeta # визуализация поверхности (необходим ssh -X)
Чтобы исключить влияние других процессов на время работы, программу следует
запускать через систему очередей (команда sbatch). Для установки количества
потоков OpenMP используется переменная среды OMP_NUM_THREADS. Скрипт для
запуска выглядит примерно так:
#!/bin/sh
export OMP_NUM_THREADS=$(wc -l < $PBS_NODEFILE)
...
./autoreg
Поскольку OpenMP использует общую память для обмена данными между параллельными потоками, то имеет смысл использовать не более одного узла и не более 8 ядер.