==== Scripts Structure ==== mapping.parl.sh | ·--mapping.parl | ·--stats.sh | ·--mapDamage.sh | ·--trimBam.sh | ·--pileupCaller.sh | ·--contaminate.parl.sh | .--softsource.txt - 在mapping.parl.sh中设置主要路径 - 首次使用需设置 ./softsource.txt 及 ./tools/contaminate 下相关路径 - 其余脚本放在相同目录下 - ./tools/headcrop脚本处理raw sequence问题 ==== Requires R packages ==== library(reshape2) library(ggplot2) library(dplyr) library(magrittr) library(ggsci)