/voxelmorph-tf2-min

tf2,how to run voxelmorph

Primary LanguagePython

根据kaggle[1],写的一个无监督的小Test,省去无关代码,方便刚入手voxelmoroph的同学理清程序逻辑,后续再自行在源代码上修改

环境为tensorflow2.x

源码根据voxelmorph在Github上的源码做修改,只保留运行这个小Test所需要的所有代码,基本只做了删没有改

安装tensorflow2,修改路径后,应该可以直接跑起来并看到结果

提供jupyter与python两个运行文件

首先用两张图像(可以是2d或3d)做输入,分别为Moving Image和Fixed Image,我们的任务就是把moving往fixed上配。
进入网络后,先获得速度场(velocity field)(也就是VecInt层,在这之前还有UNet、ConV,Sample等层),
再根据速度场通过积分(integration layer)计算出对应的形变场(deformation field),
然后对Moving Image做形变获得Moved Image也就是结果,最后输出也是两个图像,Moved Image和deformation field。
(此库省略了velocity field,unet后接conv层然后就是SpatialTransformer层,详细的看论文)

参考资料(1):https://www.kaggle.com/adalca/learn2reg (数据集从这里下载的)
参考资料(2):https://www.dazhuanlan.com/2019/08/24/5d612d006c171/ (讲的是NeurIPS 2019那篇)