LIMO-EEG-Toolbox/limo_tools

Cluster correction

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arnodelorme commented

Using Henson Wakeman ERPs

  • One sample t-test cluster correct does not work
  • Two sample t-test cluster correction does not work
    (ANOVA is fine)

Also, the errors do not help. It would be better if LIMO crashed. Here I cannot fix because it would take me an hour to find where the error is.

Other than that, it works fine.

This is in the master branch. Let’s fix master real quick and release it.

arnodelorme commented
limo_error2.mp4
CPernet commented
CPernet commented

remove your last update of paths and it works

arnodelorme commented

What do you mean by last update of path? Yes, I know how to set up my path, and I am pretty sure it is OK (but could be wrong of course).

/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/fieldtrip/realtime/online_eeg
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/fieldtrip/realtime/online_meg
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/fieldtrip/realtime/online_mri
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/fieldtrip/realtime/example
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/fieldtrip/contrib/misc
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/fieldtrip/contrib/spike
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/fieldtrip/test
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/fieldtrip/template/gradiometer
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/ICLabel/viewprops
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/limo_tools/deprecated
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/limo_tools/help
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/limo_tools/limo_cluster_functions
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/limo_tools/external/psom
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/limo_tools/external
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/limo_tools
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/get_entropy/functions
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/get_entropy
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/fieldtrip/compat
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/clean_rawdata/manopt/manopt/solvers/trustregions
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/clean_rawdata/manopt/manopt/core
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/clean_rawdata/manopt/manopt/tools
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/clean_rawdata/manopt/manopt/manifolds/grassmann
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/clean_rawdata/manopt
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/Cleanline2.00
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/Cleanline2.00/demofigs
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/Cleanline2.00/external
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/Cleanline2.00/external/bcilab_partial
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/Cleanline2.00/external/bcilab_partial/arguments
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/Cleanline2.00/external/bcilab_partial/dependencies
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/Cleanline2.00/external/bcilab_partial/dependencies/CStrAinBP-2009-09-13
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/Cleanline2.00/external/bcilab_partial/dependencies/CStrAinBP-2009-09-13/build-Gracing.local
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/Cleanline2.00/external/bcilab_partial/dependencies/CStrAinBP-2009-09-13/build-Jordan
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/Cleanline2.00/external/bcilab_partial/dependencies/CStrAinBP-2009-09-13/build-bluffing
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/Cleanline2.00/external/bcilab_partial/dependencies/CStrAinBP-2009-09-13/build-bluffing-vm
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/Cleanline2.00/external/bcilab_partial/dependencies/CStrAinBP-2009-09-13/build-client64-120.sdsc.edu
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/Cleanline2.00/external/bcilab_partial/environment
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/Cleanline2.00/external/bcilab_partial/helpers
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/Cleanline2.00/external/bcilab_partial/keywords
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/Cleanline2.00/external/bcilab_partial/queries
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/Cleanline2.00/external/chronux_2_modified
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/Cleanline2.00/external/chronux_2_modified/spectral_analysis
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/Cleanline2.00/external/chronux_2_modified/spectral_analysis/continuous
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/Cleanline2.00/external/chronux_2_modified/spectral_analysis/helper
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/Cleanline2.00/external/shadowplot
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/Cleanline2.00/utils
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/BrainBeats/sample_data
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/BrainBeats/functions
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/BrainBeats
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/limo/deprecated
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/limo/help
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/limo/limo_cluster_functions
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/limo/external/psom
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/limo/external
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/limo
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/smi_eyetracking
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/roiconnect
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/nsgportal2.1
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/neuroscanio
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/musemonitor
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/mffmatlabio
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/iirfilt
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/gazepoint_eyetracking
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/firfilt
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/finderscourse1.1
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/fileio
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/fieldtrip
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/eegstats
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/dipfit
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/data
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/ctfimport1.04
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/clean_rawdata
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/bva-io
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/brainmovie
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/bids_dl
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/bids-matlab-tools
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/Viewprops1.5.4
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/SIFT
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/REST_fieldtrip
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/PICARD1.0
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/NihonKoden1.12
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/MEF3v1.2.2
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/MARA1.2
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/ICLabel
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/FASTER1.2.4
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/App-MATLABViewer
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/ANTeepimport1.13
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/fieldtrip/connectivity
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/fieldtrip/specest
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/fieldtrip/inverse
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/fieldtrip/preproc
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/fieldtrip/trialfun
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/fieldtrip/statfun
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/fieldtrip/template/sourcemodel
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/fieldtrip/template/neighbours
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/fieldtrip/template/electrode
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/fieldtrip/template/headmodel
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/fieldtrip/template/anatomy
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/fieldtrip/template/layout
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/fieldtrip/external/fileexchange
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/roiconnect/libs/brainstorm
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/roiconnect/libs/ssgc_v1.0
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/roiconnect/libs/nolte
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/roiconnect/libs/mvgc_v1.0/utils/control
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/roiconnect/libs/mvgc_v1.0/utils
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/roiconnect/libs/mvgc_v1.0/stats
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/roiconnect/libs/mvgc_v1.0/core
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/roiconnect/libs/mvgc_v1.0
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/roiconnect/libs/haufe
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/roiconnect/libs/export_fig
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/roiconnect/libs/Daniele_ARMA
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/roiconnect/newscripts
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/fieldtrip/plotting
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/fieldtrip/utilities
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/fieldtrip/forward
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/eegstats/restingIAF
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/brainmovie/x3d_version3g
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/biosig/biosig/doc
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/biosig/biosig/t250_ArtifactPreProcessingQualityControl
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/biosig/biosig/t200_FileAccess
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/ICLabel/matconvnet/examples
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/ICLabel/matconvnet/matlab/xtest
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/ICLabel/matconvnet/matlab/simplenn
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/ICLabel/matconvnet/matlab/mex
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins/ICLabel/matconvnet/matlab
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/plugins
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/functions/supportfiles
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/functions/miscfunc
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/functions/timefreqfunc
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/functions/statistics
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/functions/popfunc
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/functions/studyfunc
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/functions/guifunc
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/functions/sigprocfunc
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/functions
	/System/Volumes/Data/data/matlab/eeglab/functions/adminfunc
CPernet commented

the error is NOT an error, it is that it is not significant but because you turned that info off you GUI bugs - I think it is fixed now via a series of small changes, can you try?

CPernet commented

solved -- not a cluster problem, the bootstrap computed was incorrect

arnodelorme commented

Cool