Projeto de TCC - Lucas de A. Louzada - 2023

Segmentação da Articulação Sacroilíaca em Imagens de Ressonância Magnética Utilizando a Rede Neural Convolucional nnU-Net

Este repositorio contém o código fonte do projeto de TCC do curso de Informática Biomédica da Universidade de São Paulo (USP) do aluno Lucas de A. Louzada. O projeto consiste na segmentação da articulação sacroilíaca em imagens de ressonância magnética utilizando a rede neural convolucional nnU-Net.
Específicamente, o repositório faz todo o pré processamento das imagens e máscaras, juntamente com o aumento da base de dados através do uso da biblioteca albumentenations. Além disso, o repositório contém o código para análise dos resultados obtidos.
O treinamento foi realizado em um Google Colab, utilizando-se do ambiente de execução com GPU. Link para o notebook
O código deste repositório esta otimizado para uso com a base de dados HCFMRP_sacroiliitis_v1, a qual foi anteriormente estruturada e anonimizada para uso público, com aprovação do Comitê de Ética em Pesquisa do Hospital das Clínicas de Ribeirão Preto (CEP-HCRP), sob parecer número 1.951.052.