Este repositório contém arquivos gerados com o estudo da avaliação do uso de códons em infecções virais que utiliza como modelos os arbovírus: DENV, ZIKV, CHIKV.
Este diretório armazena alguns scripts que foram utilizados para inserção de dados biológicos num banco de dados MySQL.
| Dado | Uso | Descrição |
|---|---|---|
| help | command --help |
Ajuda |
| genoma | i_genoma.py [OPTIONS] FILE |
Insere genomas completos do viprbrc no formato FASTA. |
| refseq | i_refseq.py [OPTIONS] FILE |
Insere sequências referências (CDS)-NCBI no formato FASTA. |
| alinhamento | i_algn.py [OPTIONS] |
no diretório dos arquivos : python .\i_algn.py --path . Insere alinhamentos(RefSeq-NCBI x genomas completos-viprbc) e seus ids. |
| códon RNA\DNA | i_codon.py [OPTIONS] FILE |
Insere dados sobre códons de DNA e RNA de um arquivo no formato csv. |
| frequência de códons do hospedeiro | i_freqhost.py [OPTIONS] FILE |
Insere dados sobre frequência de códons do hospedeiro de um arquivo no formato csv. |
| frequência de genes tRNA | i_freqtrna.py [OPTIONS] FILE |
Insere dados sobre frequência de genes de tRNA de um arquivo no formato csv. |
| frequência de códons dos vírus | i_freqvirus.py [OPTIONS] FILE |
Insere dados sobre frequência de códons dos vírus gerados no codonW. |
| frequência de códons do hospedeiro | i_freqhostnovo.py [OPTIONS] FILE |
Insere dados sobre frequência de códons do hospedeiro de um arquivo no formato csv e calcula a frequência relativa |
| similaridade | i_similaridade.py |
Insere dados sobre cálculos de similaridade. |
Input:
$ caminho-arquivo.py/ python3 arquivo.py caminho-arquivo-ou-pasta/file
output:
+-----------+-----------+----------+----------------+-------------+
| PK_codons | codonRNA | codonDNA | nomeAminoacido | abrev_aa |
+-----------+-----------+------+---+----------------+-------------+
| 1 | AAA | AAA | Lisina | Lys |
| 2 | AAG | AAG | Lisina | Lys |
| 3 | AAC | AAC | Asparagina | Asn |
| ... | ... | ... | ... | ... |
+-----------+-----------+----------+----------------+-------------+Este diretório armazena alguns scripts que foram utilizados para edição de sequências de genomas completos dos vírus alinhadas com as cds referência do vírus.
| scripts |
|---|
trimCrhis.pl |
trimHallz.py |
trimcds.py |
Input:
---aaattcc---cccc--
aactgtgactgcatgcatgactgactg
-----------------------------------
Output:
aaattcc---cccc
tgtgactgcatgcatgactgac
Este diretório armazena scripts que foram utilizados para validação da contagem da frequência de códons e ordenação geradas pelo codonW.
| scripts |
|---|
count.txt |
valid_ordfreq.py |
Este diretório armazena scripts relacionados aos cálculos do estudo.
| scripts |
|---|
similaridade.py |
media.py |
SIMILARIDADE entre duas espécies a e b = somatório da freqrelativahumano (especieB) * somatório da freqrelativavirusx (espécie A) / raiz do somatório da freqcodonhumano ao quadrado x somatório da freqcodonrelativavirus ao quadrado
Output:
Genoma: gb:MT636909 RefSeq: lcl|NC_004162.2_cds_NP_690589.2_2
Similaridade entre gb:MT636909 e humano é : 0.9131291564221438
Genoma: gb:MT636910 RefSeq: lcl|NC_004162.2_cds_NP_690589.2_2
Similaridade entre gb:MT636910 e humano é : 0.9143951531026236
Genoma: gb:MT636911 RefSeq: lcl|NC_004162.2_cds_NP_690589.2_2
Similaridade entre gb:MT636911 e humano é : 0.9139864625759921
MÉDIA = média da frequência absoluta de cada códon para cada vírus(refseq).
Output:
A média 139.8363448631905, do códon AAA da refseq lcl|NC_001474.2_cds_NP_056776.2_1
refseq ['lcl|NC_001475.2_cds_YP_001621843.1_1']
A média 127.64048059149722, do códon AAA da refseq lcl|NC_001475.2_cds_YP_001621843.1_1
refseq ['lcl|NC_001477.1_cds_NP_059433.1_1']
A média 137.1747572815534, do códon AAA da refseq lcl|NC_001477.1_cds_NP_059433.1_1
refseq ['lcl|NC_002640.1_cds_NP_073286.1_1']
A média 127.35272727272728, do códon AAA da refseq lcl|NC_002640.1_cds_NP_073286.1_1
refseq ['lcl|NC_004162.2_cds_NP_690588.1_1']
A média 69.66666666666667, do códon AAA da refseq lcl|NC_004162.2_cds_NP_690588.1_1
refseq ['lcl|NC_004162.2_cds_NP_690589.2_2']
A média 34.666666666666664, do códon AAA da refseq lcl|NC_004162.2_cds_NP_690589.2_2
refseq ['lcl|NC_012532.1_cds_YP_002790881.1_1']
A média 78.63503649635037, do códon AAA da refseq lcl|NC_012532.1_cds_YP_002790881.1_1
refseq ['lcl|NC_001474.2_cds_NP_056776.2_1']
