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The-downstream-analysis-pipeline-of-the-output-of-gene-family-analysis

##First install seqkit

mamba install -c bioconda seqkit

##Expansion gene family analysis 扩张基因家族基因提取

提取Gamma_change.tab第7列代表物种PRP的收缩的orthogroupsID

cat Gamma_change.tab | awk '{if($6>0) print $0}' | cut -f1,6 | awk '{print $1"\t"$2}' >> TAntelope.expanded

根据sample ID和编号提取sample分支的基因家族显著扩张或收缩的基因家族树（Gamma_asr.tre文件中默认以p<0.05为标准判断变化是否显著）

grep "TAntelope<5>*" Gamma_asr.tre > TAntelope_significant_trees.tre

提取sample分支显著变化的OG IDs （默认以p<0.05为标准）

grep -E -o "OG[0-9]+" TAntelope_significant_trees.tre > TAntelope_significant.ogs

以p<0.01为标准提取所有显著扩张或收缩的orthogroupsID（根据情况调整，常用p<0.05或p<0.01）

awk '$2 <0.01 {print $1}' Gamma_family_results.txt >p0.01_significant.ogs

提取以p<0.01为标准判断显著性的sample分支基因家族显著变化的OG IDs

grep -f TAntelope_significant.ogs p0.01_significant.ogs > TAntelope_p0.01_significant.ogs

提取显著收缩的sample物种的orthogroupsID

grep -f TAntelope_p0.01_significant.ogs TAntelope.expanded | cut -f1 > TAntelope.expanded.significant

提取显著收缩的基因列表，假设基因ID是PRP_的前缀

grep -f TAntelope.expanded.significant Orthogroups.txt | sed "s/ /\n/g"|grep "TAntelope" |sort -k 1.3n | uniq > TAntelope.expanded.significant.genes

提取显著收缩的基因序列

seqkit grep -f TAntelope.expanded.significant.genes /mnt/z/xb/orthofinder/TAntelope.faa >TAntelope.expanded.significant.pep.fa

##Contraction gene family analysis****收缩基因家族基因提取

提取Gamma_change.tab第7列代表物种PRP的收缩的orthogroupsID

cat Gamma_change.tab |cut -f1,8|grep "-" >TAntelope.contracted

根据sample ID和编号提取sample分支的基因家族显著扩张或收缩的基因家族树（Gamma_asr.tre文件中默认以p<0.05为标准判断变化是否显著）

grep "TAntelope<5>*" Gamma_asr.tre > TAntelope_significant_trees.tre

提取sample分支显著变化的OG IDs （默认以p<0.05为标准）

grep -E -o "OG[0-9]+" TAntelope_significant_trees.tre > TAntelope_significant.ogs

以p<0.01为标准提取所有显著扩张或收缩的orthogroupsID（根据情况调整，常用p<0.05或p<0.01）

awk '$2 <0.01 {print $1}' Gamma_family_results.txt >p0.01_significant.ogs

提取以p<0.01为标准判断显著性的sample分支基因家族显著变化的OG IDs

grep -f TAntelope_significant.ogs p0.01_significant.ogs > TAntelope_p0.01_significant.ogs

提取显著收缩的sample物种的orthogroupsID

grep -f TAntelope_p0.01_significant.ogs TAntelope.contracted | cut -f1 > TAntelope.contracted.significant

提取显著收缩的基因列表，假设基因ID是PRP_的前缀

grep -f TAntelope.contracted.significant Orthogroups.txt | sed "s/ /\n/g"|grep "TAntelope" |sort -k 1.3n | uniq > TAntelope.contracted.significant.genes

提取显著收缩的基因序列

seqkit grep -f TAntelope.contracted.significant.genes /mnt/z/xb/orthofinder/TAntelope.faa >TAntelope.contracted.significant.pep.fa