Os dominios são adicionados aqui, um por linha. Se houver mais de um hostname, só adicionar separado por espaço.
/etc/dehydrated/domains.txt
Se não havia um domains.txt, ele contém um exemplo com todas as possibilidades e devem ser excluidas ou comentádas.
Precisa adicionar esse include no nginx, em todos os virtual hosts.
Pra evitar problemas com a renovação, o redirect pra https:// precisa estar dentro do "location / {}"
#Ubuntu
include snippets/acme.conf;
#EL
include custom.d/acme.conf;
Caso precise validar o certificado por DNS (no caso de usar um certificado wildcard, por exemplo), precisa configurar na pasta de customização (/etc/dehydrated/domains.d) um arquivo com o nome principal do certificado, com as variáveis de ambiente do hook.
Exemplo Cloud Flare: