Já corrigi o html. Adcionei as pastas 'templates' e 'static' onde contem os ficheiros para o flask correr bem Quanto ao app.py as alterações que fiz está abaixo.
...
app = Flask(__name__, template_folder='templates', static_folder='static')
...
}...
@app.route('/',methods=['GET'])
def HTML_exe():
return render_template("index.html")
...
}