Este repositorio contiene el codigo de desarollo de un sistema de segmentación y clasificación de celulas vegetales (especificamente las usadas para el protocolo Allium).
El repositorio se va a dividir en 3 partes principales, las cuales responden a:
Esto incluye:
- Transformar las segmentaciones manuales provistas en objetos binarios y/o colecciones de imágenes que puedan ser consumidas por los procesos de entrenamiento de los modelos a utilizar.
- Crear procesos de aumentación de datos, ya sean recortes, transformaciones, adicionado de ruido y/o generacion de muestras artificiales.
- Analisis de composición de los datasets.
Todo lo que es referente a la segmentacion de las celulas por distintos metodos, como por ejemplo:
- U-Net
- SAM
- etc Todos los metodos deben acptar los mismos datasets de entrada y producir salidas del mismo tipo para luego porder ser comparados y analizados
Aqui encontraremos todo lo que sea clasificación de celulas por distintos métodos (a explorar). La entrada a estos métodos seran las salidas de los metodos de segmentación y/o datasets generados especificamente. Si bien esta tarea puede realizarse en tandem con la segmentación, es interesante explorar los clasificadores como una entidad separada.