Docker con modelo de predicción de COVID-19 (incapacidades o casos).
El orden de la ejecución es como sigue:
docker run -it --mount src=`pwd`,target=/data,type=bind rodrigozepeda/covidmx "archivo_de_casos.csv" "encoding" "dias a predecir" "tipo de modelo" "¿actualizar modelo?"
Como ejemplo el siguiente lee casos_ejemplo
y predice los próximos 180
días bajo el modelo de covid
el cual se actualiza auto
(máticamente).
docker run -it --mount src=`pwd`,target=/data,type=bind rodrigozepeda/covidmx:v0.5.0 "casos_ejemplo.csv" "UTF-8" "180" "covid" "auto"
donde
casos_ejemplo.csv
es el archivo diario agregado por casos, (descarga el ejemplo)UTF-8
es el encoding (para readr::read_csv()) (otra opción esWINDOWS-1252
)180
son los días a predecir (futuro),covid
es los casos a predecir del modelo (opciones a agregar futuras:dengue
),auto
es si actualizar el modelo automáticamente desde internet (la otra opción es"no"
).
Nota Para un funcionamiento óptimo requiere conexión a Internet si se permiten actualizaciones mediante
auto
.
Los datos deben representarse en un .csv
(encoding UTF-8
) con la siguiente estructura (ver casos_ejemplo.csv
)
Fecha | Total de casos | Entidad |
---|---|---|
2020/01/01 | 12 | AGS |
2020/01/01 | 84 | BC |
2020/01/02 | 0 | AGS |
2020/01/02 | 5 | BC |
- Hay 32 entidades.
- El nacional se calcula como la suma de los casos por entidad para la misma Fecha.
- La fecha es en formato
ymd
. - Los datos son diarios.
-
El modelo comienza en 2020.
-
Los códigos CIE-10 que se incluyen son: ICD-10 (J01, J04-J06, J20, y J21), gripa (J10/ J11), neumonía (J12, J18), COVID-19 (U07.1, U07I, y U07S), y cualquier diagnóstico con la palabra COVID-19 o su sospecha.
-
Se excluyen trabajadores IMSS.
De manera automática el Docker verifica que la versión existente del modelo en el Github en version.txt
y si el archivo es más reciente descarga el modelo de Github y corre ese.