Sakura-Book/molstar_test

molstar_test

molviewspecの使い方についての勉強用リポジトリ

URLでmvsjを読み込む方法

以下の形式で、molstarにmvsjのraw fileを渡せばよい

https://molstar.org/viewer/?mvs-format=mvsj&mvs-url=[raw fileへのリンク]

# 例
https://molstar.org/viewer/?mvs-format=mvsj&mvs-url=https://raw.githubusercontent.com/Sakura-Book/molstar_test/main/1stm.mvsj

github上にあるmvsjファイルであれば、https://raw.githubusercontent.com/[username]/[repository]/main/[filename]の形でraw fileを取得できる (ただしpublic repositoryである必要あり)

URLでmoljを読み込む方法

以下の形式でｍolstarにmoljのraw fileを渡せばよい

https://molstar.org/viewer/?snapshot-url-type=molj&snapshot-url=[raw fileへのリンク]

# 例
https://molstar.org/viewer/?snapshot-url-type=molj&snapshot-url=https://raw.githubusercontent.com/Sakura-Book/molstar_test/main/mol-star_state_2024-11-6-18-43-37.molj

内容

• mvsj_files

  • capsidのmvsjが置いてあるディレクトリ (今のところT=1のみ)
  • representationはsurface, colorはasym_id (chain idとほぼ同じ？)ごとに設定した

• generate_capsid_mvsj.ipynb

  • 指定したT-numberのcapsidのPDB情報をVIPERdbから取得し、MolViewSpecを使ってmvsj形式で書き出すためのノートブック
  • mvsj_files/以下のmvsjファイルはこのノートブックで作りました

• generate_mvsj.ipynb

  • mvsjファイルの色の付け方やrepresentationを試行錯誤しているノートブック
  • 参考: molviewspecのデモ用ノートブック

• viperdb_test.ipynb

  • viperdbからWebAPI経由で、T-numberを指定してcapsidのPDB情報を取ってくるノートブック

• 1cbs.mvsj

  • 動作確認のため、molstarよりコピーしたもの
  • 1cbs.mvsj

• 1stm.mvsj

  • molviewspecのデモ用ノートブックで作成したファイル
  • 1stm.mvsjをmolstarで見る

• mol-star_state_2024-11-6-18-43-37.molj

  • moljファイルを指定したURLをmolstarで読み込めるかどうかテストするために作成したもの。以下の通り、フォーマットエラーで読み込むことはできなかった。
  • moljファイルをmolstarで見る