/DNA.research-1

исследование ДНК | #biocode #analysis #gendata

Primary LanguageOpenSCADMIT LicenseMIT

=Что нас привело к исследованию?=


Однажды, стало интересно, что такое ДНК код человека через {программирование}. Нашли пару дельных репозиториев на GitHub -> fork — нув их начали исследовать код. Теперь делимся с вами нашим исследованием.


== НАША ЦЕЛЬ ==

  • Создать набор открытых данных по ДНК.

  • Научиться обрабатывать данные ДНК.

  • Напечатать набор для сборки элементов ДНК.

  • А также набор 3D — моделей участка ДНК (конструктор)


== Пример ДНК кода ==

id xромосома позиция генотип обозначение
rs1333049 9 22125503 GC Ишемическая болезнь сердца, у этого человека в 1.5 раза повышен риск заболевания
i3003626 3 46414947 II устойчивость к ВИЧ инфекциям, этот человек устойчив к ВИЧ инфекциям

i3003626  —  Наименование SNP(ОНП), то есть id - номер

3  —  Хромосома содержащий этот SNP(ОНП)

46414947  —  Местоположение в хромосоме

II  —  Аллели, генотип

Интерпретация ДНК кода в 3D—модель


== Часть ДНК кода в JSON формате ==


== МАКЕТ СОЗДАНИЯ 3D-МОДЕЛЕЙ ==


== Часть кода 3D-модели (конструктора) ==

== 3D — модель (конструктора) ==


== РИСКИ ==

  • Отсутствие полных данных по SNP(ОНП)

== ИНСТРУМЕНТЫ ==

  1. OpenSCAD

  2. Repetier Host

  3. Medium.com

  4. JSON


== ОБОРУДОВАНИЕ ==

  1. 3D printer MendelMax 1.5+

  2. 3D printer UP! mini


== ИСТОЧНИКИ ==

digital / paper

  1. Slideshare

  2. SNPedia

  3. GitHub

  4. [Wikipedia](http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%94%D0%B5%D0%B7%D0%BE%D0%BA%D1%81%D0%B8%D1%80%D0%B8%D0%B1%D0%BE%D0%BD%D1% 83%D0%BA%D0%BB%D0%B5%D0%B8%D0%BD%D0%BE%D0%B2%D0%B0%D1%8F_%D0%BA%D0%B8%D1%81%D0%BB%D0%BE%D1%82%D0%B0)

  5. 23andme

  6. 3D Industry

  7. Thingiverse

  8. Heather Dewey-Hagborg / GitHub

  9. Kremlin.ru


== РЕЗУЛЬТАТЫ ==

  • Создан набор данных по генам ДНК
  • Напечатаны модели элементов ДНК
  • Выяснили, что с помощью анализа кода ДНК можно:
  • Понизить смертность
  • Создавать новые лекарства
  • Получать 3D-изображение лица человека

== ПЛАНЫ НА БУДУЩЕЕ ==

  • Создать лабораторию по анализу ДНК человека указав на предрасположенности и заболевания с вероятностью

  • С самыми новейшими методами Секвенирование Нового Поколения (СНП)

  • Это даст большой скачок, в развитии:

  • Медицины

  • Спорта

  • Образования

  • Фармацевтики


== РЫНОК ==

  • Объем инвестиций в исследовании ДНК:
    1. Общий объем рынка в мире (2014 год) — $25-30 млрд
    2. Предполагаемые темпы роста — 15-30% в год (оценка PriceWaterHouse)
  • Росси / Мир
    • Возможная доля рынка для российского производителя — 1-3%

== ОТКРЫТЫЕ ВОПРОСЫ ==

  • Как закодировать информацию в молекуле, не нарушив ее целостность?
  • Как считывать эти данные впоследствии?

== ФАКТЫ ==

  • На данный момент известно лишь около 16% генов
  • Молекула ДНК способна хранить до 2 бит на каждом нуклеотиде.
  • Полный набор ДНК человека ~ 455 экзабайт (100 млрд DVD-дисков). ~1 млрд гигабайт.

== ВЫВОД ==

  • Плотность хранения информации в молекуле ДНК примерно в 6-7 раз выше, чем в самых современных модулях флеш-памяти.

== ЦИТАТЫ ==

Такие исследования и анализ ДНК станут обыденным через 5-10 лет.

ДНК — природный медиа-носитель, где записаны программы, в соответствии с которыми работает организм человека.


== ДОРОЖНАЯ КАРТА ==

Tm(до) Состояние Список дел
27.12.13 Найти данные, обозначение генов ДНК
17.04.14 Собрать информацию о 3D - модели ДНК
29.04.14 Приготовить/Скомпоновать текст/картинки
29.04.14 readme > FAQ > DNA.research (MEDIUM)
27.04.14 Записать на диктофон pitch.mp3
22.04.14 3D-модель структуры ДНК
28.04.14 Показать доклад и презентацию Наталье Юрьевне
28.04.14 Напечатать модели на 3D-принтере
28.04.14 Перенести данные по генам в JSON
26.04.14 DEMO DAY
29.04.14 EVENT
после 29.04.14 coming soon ...
29.05.14 Найти лабораторию, которая секвенирует ДНК
21.06.14 Напечатать остальные элементы ДНК
coming soon ... Приложения DNA.research

== F.A.Q. ==

== СОАВТОРЫ ==

{У}

Leonid Prokopovich MaximLoguncov PavelShalaginov ArtemKvadzba SherozKarimov
Leonid P Maxim L Pavel S Artem K Sheroz K

{M}

Kirill Temnov Vitaly GB
Kirill T Vitaly GB

= АВТОРСКИЕ ПРАВА =

Copyright (c) 2014 SODA LABS. The MIT License (MIT).