TesMichelle/hse21_hw1

Основное задание

$ ls /usr/share/data-minor-bioinf/assembly/* | xargs -tI{} ln -s {}

$ seqtk sample -s 10052001 oil_R1.fastq 5000000 > PE1.fq
$ seqtk sample -s 10052001 oil_R2.fastq 5000000 > PE2.fq
$ seqtk sample -s 10052001 oilMP_S4_L001_R1_001.fastq 1500000 > MP1.fq
$ seqtk sample -s 10052001 oilMP_S4_L001_R2_001.fastq 1500000 > MP2.fq

$ rm *.fastq
$ ls -1 | xargs -tI{} fastqc {}
$ mkdir fastqc_raw
$ ls *.html -1 | xargs -tI{} mv -v {} fastqc_raw
$ ls *.zip -1 | xargs -tI{} mv -v {} fastqc_raw
$ multiqc fastqc_raw -o multiqc_raw

---

---

$ platanus_trim PE1.fq PE2.fq
$ platanus_internal_trim MP1.fq MP2.fq
$ rm *.fq

$ mkdir fastqc_trimmed
$ ls *trimmed -1 | xargs -tI{} fastqc {} -o fastqc_trimmed
$ multiqc fastqc_trimmed -o multiqc_trimmed

---

---

$ screen -S mashishkin_1_assemble
$ bash
$ platanus assemble -o Poil -f PE1.fq.trimmed PE2.fq.trimmed 2> assemble.log
$ platanus scaffold -o Poil -c Poil_contig.fa -IP1 PE1.fq.trimmed PE2.fq.trimmed -OP2 MP1.fq.int_trimmed $ MP2.fq.int_trimmed 2> scaffold.LOGFILE
$ platanus gap_close -o Poil -c Poil_scaffold.fa -IP1 PE1.fq.trimmed PE2.fq.trimmed -OP2 MP1.fq.int_trimmed $ MP2.fq.int_trimmed 2> gap_close.log
$ rm *trimmed

Результаты

Среднее качество прочтения выросло после platanus_trim и platanus_internal_trim. После использования platanus gap_close количество и длина гепов уменьшились. (см. notebook)

Доп. задание

$ seqtk sample -s 10052001 oil_R1.fastq 0.5 > PE1_.fq
$ seqtk sample -s 10052001 oil_R1.fastq 0.5 > PE2_.fq
$ seqtk sample -s 10052001 oilMP_S4_L001_R1_001.fastq 0.5 > MP1_.fq
$ seqtk sample -s 10052001 oilMP_S4_L001_R2_001.fastq 0.5 > MP2_.fq

$ platanus_trim PE1_.fq PE2_.fq
$ platanus_internal_trim MP1_.fq MP2_.fq
$ rm *.fq

$ platanus assemble -o low -f PE1_.fq.trimmed PE2_.fq.trimmed
$ platanus scaffold -o low -c low_contig.fa -IP1 PE1_.fq.trimmed PE2_.fq.trimmed -OP2 MP1_.fq.int_trimmed $ MP2_.fq.int_trimmed
$ platanus gap_close -o low -c low_scaffold.fa -IP1 PE1_.fq.trimmed PE2_.fq.trimmed -OP2 MP1_.fq.int_trimmed $ MP2_.fq.int_trimmed
$ rm *trimmed

Результаты

При меньшем количестве доступных ридов, количество и длина гепов увеличились, а длина и количество скафолдов уменьшились. (см. notebook)