Interpretation and visualization of microbiome charts
高通量测序的发展极大地推动了微生物组/宏基因组领域的发展。微生物组的数据分析和解读需要微生物学、生物信息学、统计学、Shell和R语言、宏基因组学等多学科的知识，无论是**还是世界范围内仍缺少系统的学习教材。宏基因组公众号成立的目的是打破微生物组数据分析解读的壁垒，推动本领域的发展。目前经常三年的积累，已发布数百篇本领域相关数据分析、可视化和科研经验的教程。但本领域发展迅速，很多教程需要更新，而且团队成员的知识和研究领域有限，需要更广泛的同行加入，打造宏基因组学入门百科全书，现向全球华人圈全面征集《微生物组数据分析与可视化实战》章节编写的创作者和审稿人。
创始人就是你，赶快加入贡献你的智慧吧！
- 本领域的专业同行，专业包括且不限于微生物学、生物信息学、微生物组学，或应用培养组学、扩增子、宏基因组、宏转录组、宏病毒组、宏蛋白组、宏代谢组、宏表观组等技术研究人类、动植物、环境的相关研究人员(年级和职称不限)；
- 有专业知识搜集和整理的能力，有记录电子笔记、发表文章经历者的优先；
- 认领下方目录中章节，按照参考模板(一周内陆续发布前几节样章)，采用有道云笔记markdown格式或Rmarkdown(加入后有免费培训)编写逻辑严谨、考虑读者感受、可重复性强的教程；
- 对宏基因组编辑部提出的合理意见进行认真修改；
- 创作者作为章节的作者之一；
- 结识宏基因组核心团队成员，见习编辑可获取编辑的基础培训；
- 发布文章三篇或过万字，可成为正式编辑，免费获得价值万元的最新扩增子、宏基因组分析流程或参加培训、会议的机会；
- 相关教程、技术文档可推荐发表SCI论文，详见：《JoVE微生物组专刊征稿，写方法拍视频教程发SCI》
- 根据贡献，获得团队发表论文、出版图书的署名权；
- 专业审稿人，建议有发表文章经历，对自己擅长领域章节的逻辑、语言的全面修改和提出改进建议(同论文审稿)；
- 大众审稿人，对公众号发布文章中可改进地方提出意见或建议，可通过文章下方留言、联系公众号管理员等方式沟通；
- 专业审稿人可进入编辑部，作为审核文章的责任编辑，获得责编栏姓名和单位的署名权；
- 大众审稿人的姓名和单位可出现在章节的致谢部分；
- 审稿人节日福利红包！
创作者和审稿人任务登记： https://kdocs.cn/l/c7CGfv9Xc 宏基因组创作者和审稿人登记表.xlsx，使用微信登陆金山文档，登记姓名、单位、研究方向、职称、负责章节具体分工等信息
联系人：刘老师
微信：meta-genomics
广告营销人员较多，添加微信务必备注姓名-单位-职位-研究方向，否则无法通过好友申请
以下为目前整理本领域基础知识、常用分析、必备技能的目录。部分章节有前期发布的资源和教程供参考。有自己擅长章节的作者，欢迎认领相应章节进行更新或从头创作。如果你觉得有自己擅长而且重要的知识和方法，欢迎联系我们一起讨论目录的更新。
中文的宏基因组学百科全书期待你的贡献！
找在本领域积累多年的专家、学者，如朱永官院士、蓝灿辉总裁、赵方庆研究员、王军研究员、褚海燕研究员、韦中教授等对本书进行点评。
你能学到什么、近年来技术发展概述和展望。
发展史：摸索，初步探索，建立方法，百花齐放。
- 测序发展史，150年的风雨历程
- 一文读懂微生物组
- 有声专栏-宏基因组专业词汇—001宏基因组
- Nature综述：Microbiota, metagenome, microbiome傻傻分不清
- Microbiome：微生物组名词定义
- 群落生态学的 α-、β-、γ-多样性
- 16S测序，不知道OTU你就out了！
- 扩增子分析还聚OTU就真OUT了
- 主流非聚类方法dada2,deblur和unoise3介绍与比较
测序平台和数据
- 学习全基因组测序数据分析 1测序技术 2fasta&fastq
真菌组 18S/ITS
功能基因
代谢组
基因组
转录组
有时研究也会涉及宿主、微生物的基因表达研究。更多转录组、单细胞的文章可关注生信宝典公众号。
- 微生物组取样和DNA提取建议
- 微生物常见20种培养基配方
- 微生物组学研究的那些”奇葩“动物模型
- 样品生物学重复数据选择 1必要性 2需要多少重复？
- 样品命名 注意事项 实例
- NBT：扩增子及其他测序的最小信息标准和测序规范(MIMARKS)
- NBT：未培养病毒基因组的最少信息标准（MIUViG）
- 扩增子引物选择 16S结构 16S单V4区是最佳选择? 引物评估
- 海洋可培养微生物的鉴定与分类
- 怎么取粪便样品
- 根际土Rhizosphere/Rhizoplane如何取
- Microbiome: 室温存储样本方法比较
- NBT：高通量测序16S及18S rRNA全长
- Microbiome：16S扩增子测序研究中定量变异和生物量影响
- Microbiome：扩增子检测环境样本单细胞真核生物和寄生虫的新方法
- Rob Knight: PCR不需要做三个平行再混合！
- 自学生信-biostar handbook
- Linux命令screen—终端切换，工作环境保存，画面同步，防断网
- Nature Method：Bioconda解决生物软件安装的烦恼
- 生信人值得拥有的编程模板-Shell
- 生信人值得拥有的编程模板-Perl
- 手把手教你生信分析平台搭建
- Windows轻松实现linux shell环境：gitforwindows
- 开启win10内置Linux子程序
- Docker的基本使用-Ubuntu18.04
- linux 极简统计分析工具 datamash
- csvtk：高效命令行版极简dplyr
- 文件批量重命名的技术，你值得拥有
- 耗时很长的程序忘加nohup就运行了怎么办？
- 图之典—可视化图表的词典
- 编程模板-R语言脚本写作：最简单的统计与绘图，包安装、命令行参数解析、文件读取、表格和矢量图输出
- R语言统计入门课程推荐——生物科学中的数据分析Data Analysis for the Life Sciences
- 数据可视化基本套路总结
- R图转成Word、PPT、Excel、HTML、Latex、矢量图等
- 你知道R中的赋值符号箭头
<-和等号=的区别吗？ - 使用dplyr进行数据操作30例
- 交集intersect、并集union、找不同setdiff
- R包reshape2，轻松实现长、宽数据表格转换
- 1数据类型（向量、数组、矩阵、 列表和数据框）
- 2读写数据所需的主要函数、与外部环境交互
- 3数据筛选——提取对象的子集
- 4向量、矩阵的数学运算
- 5控制结构
- 6函数及作用域
- 7认识循环函数lapply和sapply
- 8分解数据框split和查看对象str
- 9模拟—随机数、抽样、线性模型
- ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色)
- ggplot2地理信息可视化 上 下
- 1初识ggplot2绘制几何对象
- 2图层的使用—基础、加标签、注释
- 3工具箱—误差线、加权数、展示数据分布
- 4语法基础
- 5通过图层构建图像
- 6标度、轴和图例
- 7定位-分面和坐标系
- 8主题设置、存储导出
- 9绘图需要的数据整理技术
- ggThemeAssist：鼠标调整ggplot2主题，不用再记这些代码啦！
- 不需要懂得编程，但却可以使用ggplot2画出论文级别的图？esquisse
- ggplot版本的华夫饼图吧
- 50个ggplot2可视化案例
- R语言大会：宏基因组数据分析和可视化套路总结
- 28个实用绘图包，总有几个适合你
- 热图绘制
- 获取pheatmap聚类后和标准化后的结果
- R做线性回归
- 绘图相关系数矩阵corrplot
- 相关矩阵可视化ggcorrplot
- 绘制交互式图形recharts
- 交互式可视化CanvasXpress
- 聚类分析factoextra
- LDA分析、作图及添加置信-ggord
- 解决散点图样品标签重叠ggrepel
- 添加P值或显著性标记ggpubr
- R语言一键批量完成差异统计和可视化
- Alpha多样性稀释曲线rarefraction curve
- 堆叠柱状图各成分连线画法：突出组间变化
- 冲击图展示组间时间序列变化ggalluvial
- 桑基图riverplot
- 微生物环境因子分析ggvegan
- 五彩进化树与热图更配ggtree
- 多元回归树分析mvpart
- 随机森林randomForest 分类Classification 回归Regression
- 加权基因共表达网络分析WGCNA
- SPIEC-EASI的微生物网络构建示例
- circlize包绘制circos-plot
- R语言搭建炫酷的线上博客系统
- 使用ComplexHeatmap包绘制个性化热图
- R包circlize：柱状图用腻了？试试好看的弦状图
- Science组合图表解读：相关corrplot+环境因子连线
- gganimate绘制动图观察连续变化数据
- Pathview包：整合表达谱数据可视化KEGG通路
- ggcor：相关系数矩阵Science级组合图表
- ggridges包：时间动态波涛汹涌图
- 地图 世界 **
- 手把手重现Science的主图Maptree
- 基于R的混合线性模型的实现
- 普鲁克分析（Procrustes Analysis）评估物种-环境/功能关联度的一个示例
- R语言绘制带聚类树的堆叠柱形图
盘点主流软件。高级阶段应该是各种方法步骤的自由组合，甚至是根据需要设计、开发方法。
64, 33格式转换
- 扩增子分析神器USEARCH 简介 v11新功能 v11命令大全 OTU表抽平otutab_rare 核心OTU鉴定otutab_core
- 扩增子分析神器VSEARCH 分析流程 2.8.1中文帮助文档
- NBT：QIIME 2可重复、交互式的微生物组分析平台
- 1简介和安装Introduction&Install
- 2插件工作流程概述Workflow
- 3老司机上路指南Experienced
- 4人体各部位微生物组分析Moving Pictures
- Genome Biology：人体各部位微生物组时间序列分析
- 5粪菌移植分析练习FMT
- Microbiome：粪菌移植改善自闭症
- 6沙漠土壤分析Atacama soil
- mSystems：干旱对土壤微生物组的影响
- 7帕金森小鼠教程Parkinson's Mouse
- Cell：肠道菌群促进帕金森发生ParkinsonDisease
- 8差异丰度分析gneiss
- 9数据导入Importing data
- 10数据导出Exporting data
- 11元数据Metadata
- 12数据筛选Filtering data
- 13训练特征分类器Training feature classifiers
- 14数据评估和质控Evaluating and controlling
- 15样品分类和回归q2-sample-classifier
- 16纵向和成对样本比较q2-longitudinal
- 17鉴定和过滤嵌合体序列q2-vsearch
- 18序列双端合并read-joining
- 19使用q2-vsearch聚类OTUs
- 20实用程序Utilities
- 21进化树推断q2-phylogeny
- 22命令行界面q2cli
- 23图形界面q2studio
- 24Python命令行模式Artifact API
- 25可用和开发中插件AvailableFuturePlugins
- 26开发新插件DevelopingPlugin
- 27语义类型Semantic
- 28社区Community
- 29参考数据库DataResources
- 30补充资源SupplementaryResources
- 31名词Glossary
- 32如何写方法和引用Citing
- 国内网络环境优化qiime2安装过程-QIIME 2安装慢或无法下载的解决方案
- ANCOM：找出微生物群落中的差异物种
- MetaPhlAn2基于多标记基因的宏基因组物种组成定量 文章解读 软件使用
- HUMAnN2基于UniRef数据库的功能定量 1文章解读 2软件教程 3有参分析流程
- Kraken：使用精确比对的超快速宏基因组序列分类软件 宏基因组序列物种分类之kraken 1/2和Bracken的使用
- 宏基因组注释和可视化神器MEGAN入门
- 1背景知识-Shell入门与本地blast实战
- 2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer
- 3组装拼接MEGAHIT(多快好省)和评估quast
- MEGAHIT：通过简洁的de Bruijn图为超大型复杂宏基因组拼接的超快速单节点解决方案
- metaSPAdes：新型多功能宏基因组拼接工具
- IDBA-UD：组装非均匀覆盖度的宏基因组和单细胞数据
- MetaQuast：评估宏基因组拼接
- 4基因注释Prokka Prokka：快速原核基因组、宏基因组基因注释 Prodigal：原核基因识别和翻译起始位点鉴定 metaProdigal：宏基因组序列中的基因和翻译起始位点预测
- 5基于Kmer比较数据集sourmash
- 6不比对快速估计基因丰度Salmon Salmon不比对快速宏基因组基因定量
- 7bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计
- 8分箱宏基因组binning, MaxBin, MetaBin, VizBin
- 9组装assembly和分箱bin结果可视化—Anvi'o
- 10绘制圈图-Circos安装与使用
- KEGG在线数据库使用攻略
- KEGG功能注释工具 KofamKOALA 安装与使用
- NAR-2018-dbCAN2鉴定宏基因组CAZYome碳水化合物相关基因
- EggNOG功能注释数据库在线和本地使用 eggNOG 5数据库介绍
- antiSMASH：微生物次生代谢物基因簇预测
- NAR：antiSMASH数据库2—次级代谢物基因簇预测
- 抗生素抗性基因研究进展PPT分享
- Briefings in Bioinformatics：微生物基因组学和功能基因组学相关软件和数据库的研究进展
- WebMGA：超快的基因组序列聚类注释在线工具
- Microbiome：宏基因组分箱流程MetaWRAP 简介 安装和数据库部署 实战和结果解读
- NBT：宏基因组"读云"10X建库+雅典娜算法组装获得微生物高质量基因组
- DAS工具: 利用去重、聚合和评分的策略从宏基因组中恢复基因组
- 一文读懂宏基因组binning
- 微生物基因组分类数据库GTDB和软件GTDB-Tk
特征表是上游大数据分析的终点，是里程碑式的成果，同时也是下游分析的起始。
- 扩增子图表解读-理解文章思路
- 扩增子分析流程-把握分析细节
- 扩增子统计绘图-冲击高分文章
- 微生物16S测序数据的正确打开方式
- 多快好省的宏基因组研究技巧
- 如何读懂和利用你的微生物多样性测序结果？
- 水稻微生物组时间序列分析 1模式图与PCoA 2a相关分析 2b散点图拟合 3冲击图 4随机森林回归
- 微生物组统计和可视化——phyloseq入门
维恩图的变形，如UpsetView，网络图等。
- 主成分分析PCA
- 主坐标分析PCoA
- 非度量多维尺度分析NMDS
- 对应分析CA
- 其他排序pls-da，opls-da，t-sne
- PERMANOVA
- ANOSIM
- MRPP
- 限制性主坐标分析Constrinaed PCoA
- 冗余分析RDA
- 典范对应分析CCA
- LDA
- 什么是物种数据的过度离散现象和负二项分布
- 用edgeR包进行差异分析
- DESeq2包进行差异分析
- ANCOM分析
- ALDEx2分析
- songbird和DEICODE介绍
- limma
- 按分类或模块着色网络
- 网络属性
- 全局属性
- 节点属性
- 网络图在R中的实现-igraph
- 微生物网络构建：MENA, LSA, SparCC和CoNet
- SparCC的微生物网络构建示例
- Cytoscape: MCODE包实现网络模块化分析 GIANT包分析网络的Z、P-score 制作带bar和pie节点的网络图
- 使用网络图展示Venn图集合及Cytoscape操作视频
- 双网络比对
- 多网络时间序列
- Gephi美化
黄适：这个RandomForest package 非常慢，已经完全不适应大数据分析需求。推荐使用ranger https://github.com/imbs-hl/ranger
- 分类
- 分类评估-ROC曲线及DCA分析
- 回归
- 回归及效果评价
- 人工神经网络分类
- 支持向量机分类
- 逻辑回归（GLM）
- 多序列比对
- 建树Fastree/RaxL
- 宏基因组中建树Phylophlan3
- iTOL美化进化树
- ggtree美化进化树
- Graphlan与Cladogram
- Krona
- Metacoder
- 人类：肠型、肥胖、二型糖尿病、IBD、早产、关联分析
- 动物：无菌小鼠、牛瘤胃、食性、宿主和微生物共进化
- 植物：根际、叶际、代谢物、氮利用、抗病
- 环境：抗生素耐药、抗生素挖掘、极端环境、生命之树
实验方案，样本元数据收集，样本名命名规则和示例。
NCBI，GSA，EBI
CNS，Microbiome，ISME
相关文章按杂志分类
目前的优缺点和不足，未来的发展方向。
NBT的PacBio和ONT文章简介
- 一文读懂Nanopore测序技术的发展及应用
- NBT：牛瘤胃微生物组的参考基因组集
- NBT：宏基因组二、三代混合组装软件OPERA-MS
- NBT封面：纳米孔宏基因组6小时识别下呼吸道病原体
- 纳米孔测序揭示冻土冻融对土壤微生物群落变化的影响
- 2019新型冠状病毒Nanopore测序标准操作流程
- Medicine in Microecology：微生物所王军组发表Nanopore三代测序人类肠道病毒组的方法
- 高分文章精选 | 纳米孔宏基因组测序的表现
经验
办工效率
书籍专著
国外教程
- 2016加拿大宏基因组分析教程
- 1简介-定义、方法和数据库
- 2扩增子-微生物群落多样性
- 3PICRUSt功能预测
- 4宏基因组物种组成和分箱
- 5宏基因组功能数据库与通路
- 6宏转录组流程和功能
- 7挖掘微生物组生物标记
- 4500元的微生物组培训资料
- 微生物组助手——最易学的扩增子、宏基因组分析流程
- GigaScience：ASaiM基于Galaxy微生物组分析框架
- 斯坦福大学统计系教授带你玩转微生物组分析
- 30余款宏基因组分析软件经验总结上 中 下
- 微生物组学数据分析工具综述 | 16S+宏基因组＋宏病毒组＋宏转录组
本书主要参考文献全文解读
网站数据库
- 微生物组网页工具MicrobiomeAnalyst——教你零基础开展微生物组数据分析和可视化 Nature子刊：官网教程中文版、 实操教程、 NAR：原文解读
- NAR：gcMeta——全球微生物组数据存储和标准化分析平台
- NAR：rrnDB-16S拷贝数校正数据库
- METAGENassist帮你搞定宏基因组分析的图形需求
- SILVAngs:16S/18S在线分析1 2
- 微生物组数据库（http://egcloud.cib.cn）正式上线
- 微生物扩增子数据库大全
- NAR：UNITE真菌鉴定ITS数据库
- curatedMD包挖掘宏基因组公共数据库
软件算法和流程
- MIMOSA2： 基于微生物组和代谢组数据的整合分析
- Nature Protocols：整合宏基因组、代谢组和表型分析的的计算框架
- Nmeth：DEMIC——使用宏基因组数据预测细菌的生长速率
- Nature Method ：Striped UniFrac算法分析微生物组大数据
- 青岛能源所提出微生物组相似度新算法DMS
方法评测
培养组
肠型
基金
人物传记
参考基因(组)集
- Cell：Tara2.0基因表达的改变和群落的更替塑造了全球海洋宏转录组
- Nature：基于宏基因组测序构建人类肠道微生物组参考基因集
- NBT：人类微生物组千万基因的参考基因集
- NC：全球柑橘根际微生物组的结构和功能
- Cell子刊：人类微生物组参考基因集中的单体基因
病毒组
- 10000+: 菌群分析
宝宝与猫狗 提DNA发Nature 实验分析谁对结果影响大 Cell微生物专刊 肠道指挥大脑 - 系列教程：微生物组入门 Biostar 微生物组 宏基因组
- 专业技能：生信宝典 学术图表 高分文章 不可或缺的人
- 一文读懂：宏基因组 寄生虫益处 进化树
- 必备技能：提问 搜索 Endnote
- 文献阅读 热心肠 SemanticScholar Geenmedical
- 扩增子分析：图表解读 分析流程 统计绘图
- 16S功能预测 PICRUSt FAPROTAX Bugbase Tax4Fun
- 在线工具：16S预测培养基 生信绘图
- 科研经验：云笔记 云协作 公众号
- 编程模板: Shell R Perl
- 生物科普: 肠道细菌 人体上的生命 生命大跃进 细胞暗战 人体奥秘
为鼓励读者交流、快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”专业讨论群，目前己有国内外5000+ 一线科研人员加入。参与讨论，获得专业解答，欢迎分享此文至朋友圈，并扫码加主编好友带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职称/年级”。技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍末解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。
学习扩增子、宏基因组科研思路和分析实战，关注“宏基因组”
点击阅读原文，跳转最新文章目录阅读 https://mp.weixin.qq.com/s/5jQspEvH5_4Xmart22gjMA