/neu-lung2022

小鼠肺部组织图像炎症诊断

Primary LanguageJupyter NotebookMIT LicenseMIT

NEU Lung

简介

小鼠肺部图片肺炎诊断

前端应用

neu-lung2022-font

尝试运行

  1. 下载源码并安装依赖

    # in powershell
git clone https://github.com/YoungY620/neu-lung2022
cd neu-lung2022
pip install virtualenv
virtualenv venv -p python3.8    # 重要: 指定Python版本为3.8
./venv/Scripts/Activate.ps1
pip install -r requirements.txt -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple

  2. 使用 annotation_db_setup.sql 初始化数据表

  3. 下载模型, 并解压到 ./lung/core/models

    # in powershell
Invoke-WebRequest https://github.com/YoungY620/neu-lung2022/releases/download/v0.4/models.zip -outfile models.zip
Expand-Archive -path models.zip -DestinationPath ./lung/core/models

    完成后目录结构：

    PS D:\your-base-path\neu-lung2022> dir ./lung/core/models

 Directory: D:\your-base-path\neu-lung2022\lung\core\models

Mode                 LastWriteTime         Length Name
----                 -------------         ------ ----
-a----         20xx/x/xx     xx:xx         184448 background.npy
-a----         20xx/x/xx     xx:xx         184448 cytoplasm.npy
-a----         20xx/x/xx     xx:xx       14396405 detector_yolov5.pt
-a----         20xx/x/xx     xx:xx         184448 nucleus.npy
-a----         20xx/x/xx     xx:xx      137785213 simclr_encoder.pth.tar
-a----         20xx/x/xx     xx:xx        1464705 vot_reg_a.pk
-a----         20xx/x/xx     xx:xx        1844092 vot_reg_b.pk
-a----         20xx/x/xx     xx:xx        1799945 vot_reg_c.pk
-a----         20xx/x/xx     xx:xx        2065245 vot_reg_d.pk
-a----         20xx/x/xx     xx:xx        1794861 vot_reg_e.pk

  4. 运行服务

    # in powershell
./run.ps1

    之后, 按照说明运行前端

  5. 下载数据 data.zip:

    # in powershell
Invoke-WebRequest https://github.com/YoungY620/neu-lung2022/releases/download/v0.4/data.zip -outfile data.zip

    在前端 "批量上传数据" 处选择上传该 data.zip 文件作为初始数据

    批量上传数据

参考

基于以下项目二次开发：