/IVF_label_tools

tools used to label embryo videos

Primary LanguagePython

repeated stage labeling tool

  • i: 标出视频中出现细胞放进培养皿的时间。
  • t: 标出tPNf时间节点,也就是原核出现的时间
  • 2、3、4、5: 分别代表t2、t3、t4、t4+节点,也就是细胞个数
  • l: 出现异常。只用标异常出现不用标结束。默认异常会在与它最接近的非异常帧前结束。
  • z: 撤销上一步。最多只能撤销到加载这个视频后加的一系列时间点。
  • c: 清除当前视频的全部标签,该步骤不可撤回。
  • 其他的和以前一样,q和e分别是前、后一张,a和d分别是前、后十二张,[和]分别是前、后一个项目。
  • 如果有所改动,请push到自己的分支。

所有图像相关的在utils里,生成数据集相关的在generate_labels里。 utils里用于处理视频的函数包括读取视频,如果要resize,多加一个参数即可。 generate_labels里包含了生成标签、打包为npz、制作early fusion数据集等函数。

ellipse_label.py

  • a,d: 左右翻图片
  • i: 开始画图,图像中心会出现一个初始的椭圆
  • 鼠标拖动长轴短轴的端点,会对长短轴长度和角度进行调整
  • 鼠标拖动直线交叉中心点,会对椭圆的中心位置进行调整
  • s: 保存,将椭圆的参数以及一个01mask存到指定位置的相同文件名的npz文件里
  • z: 重新初始化椭圆

保存之后若要重新画图,就按i初始圆,再s保存,就可以覆盖之前的记录。保存后按z无效果。