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Tutorial: R语言绘制常见科研图表

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How-to-plot-in-R

这是本人在2022年9月真实世界研究的临床大数据分析方法与应用培训班的材料

如何获得PPT中的示例数据和代码

  1. 你可以直接下载整个Repository,然后打开How to plot in R.Rproj文件,这是一个R project。 代码存放在examples/code/文件夹下。数据存放在examples/data/文件夹下。 在你打开下载的R project文件后,可以直接运行examples中的代码,因为它使用的是相对路径。
点我查看如何下载Repository

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  1. 你也可以只下载examples文件,但是你需要把代码中的读取数据所使用的地址改为你电脑上文件夹的地址。比如在此行代码中,我使用了'examples/data/table1_data.csv'。如果你把examples文件下载到了D盘,那你需要把'examples/data/table1_data.csv'改为'D:/examples/data/table1_data.csv'代码才能正常运行。

如何获得PPT中Resources部分所展示的教程?

在PPT中,Resources部分展示的各种绘图教程等内容都是有超链接的。你可以在PPT中直接点击标题来访问对应的教程。

如何获得你汇报的PPT?

在这个Repository中,你可以下载index.html文件来获得我汇报用的PPT,或者直接访问 https://lizhiwei1994.github.io/。这个PPT是使用Rtudio公司开发的Quarto软件制作的。你可以查看这个网页来了解更多用Quarto制作PPT的内容。

如何使用ggfp包来绘制forestplot?

你可以访问我的另一个Repository来了解ggfp包的更多内容。不过需要注意的是,我写ggfp包,主要是为了自己绘图的时候方便,所以我把一些我常用的设置都在gg_fp()函数的内部设置好了,可能不符合其他人用的要求,而且现阶段只能支持分面绘图(facet)。gg_fp()其实和直接用ggpplot2包绘图没有太大区别,你可以直接查看gg_fp()的源代码。我还是建议大家直接使用ggplot2绘图。

如何了解更多patchwork包的内容?

reference文件下有一个Patchwork_Layouts.html是我翻译的中文版patchwork包的一部分教程。 你也可以从R官网查看patchwork包的官方教程patchwork包中文教程-李志伟

如何重现你的PPT?

你可以直接下载这个repo,然后在Rstudio中运行index.qmd文件来重现我的PPT。

你也可以只下载index.qmdthemeexamples文件。然后在Rstudio中运行index.qmd文件。

mini section文件中分别储存着本次PPT所展示的三部分内容,如果你只对其中某一部分感兴趣,可以只下载某一部分。这会比直接运行index.qmd快。 注意:mini section中文件所在目录要和index.qmd文件所在目录相同,因为qmd文件运行时,默认的目录为qmd文件所在目录,不是R project所在目录。