Adriana Arboleda (adarboleda@puce.edu.ec)
2024-06-24
Este documento contiene información sobre el Proyecto Final de Bioinformática. El gen TP53 es un actor crucial en la formación del cáncer y se considera el gen supresor de tumores más importante. La proteína p53, codificada por el gen TP53, actúa como un factor de transcripción y está involucrada en múltiples procesos celulares esenciales, como la reparación del ADN, la senescencia, el control del ciclo celular, la autofagia y la apoptosis. Conocida como el "guardián del genoma" por su papel fundamental en la protección de la integridad del ADN y la prevención de tumores, p53 es crucial debido a su implicación en la alta susceptibilidad al cáncer en primates y su función en la regulación del destino celular. Por ello, se considera el regulador clave para una vida saludable en los primates. El estudio y comprensión de TP53 y su producto proteico, p53, son esenciales para el desarrollo de terapias y estrategias preventivas contra el cáncer, así como para entender los mecanismos subyacentes de la biología celular y la senescencia en primates.
- Las secuencias de los gener ortologos fueron obtenidas en la página del ncbi y fueron descargadas en formato FASTA
- Una vez obtenidas las secuencias, fueron alineadas en muscle https://www.ebi.ac.uk/jdispatcher/msa/muscle (Pearson/FASTA) y Para alinear las secuencias obtenidas se usó el siguiente link: https://www.ebi.ac.uk/jdispatcher/msa/muscle. Se deben descargar las secuencias alineadas y correrlas con iqtree2 en Bash.
Para realizar el árbol filogenético, se uso un solo script que puede ser encontrado en la carpeta scripts.
Es necesario instalar los siguientes programas para ejecutar el script de manera correcta.
https://github.com/rambaut/figtree/releases
Referencias Bibliográficas
Bartas, M., Brázda, V., Volná, A., Červeň, J., Pečinka, P., & Zawacka-Pankau, J. E. (2021). Los cambios en la proteína p53 en todo el reino animal apuntan a su participación en la longevidad. Revista Internacional de Ciencias Moleculares, 22(16), 8512.
Voskarides, K., & Giannopoulou, N. (2023). The role of TP53 in adaptation and evolution. Cells, 12(3), 512.